Proteomic analysis of archival breast cancer clinical specimens identifies biological subtypes with distinct survival outcomes.
Proteomic analysis of archival breast cancer clinical specimens identifies biological subtypes with distinct survival outcomes.
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对乳腺癌档案临床标本的蛋白质组学分析确定了具有不同生存结果的生物学亚型。
DOI：
10.1038/s41467-022-28524-0
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发表时间：
2022-02-16
影响因子：
16.6
通讯作者：
Morin GB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Asleh K;Negri GL;Spencer Miko SE;Colborne S;Hughes CS;Wang XQ;Gao D;Gilks CB;Chia SKL;Nielsen TO;Morin GB
尽管乳腺癌的基因组分类取得了进展，但目前的临床测试和治疗决策通常基于蛋白质水平信息。福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织标本具有广泛的临床结局。在这里，我们对2008-2013年（n = 178）和1986-1992年（n = 122）诊断的300例FFPE乳腺癌手术标本进行了全面的蛋白质组学分析，每个PAM 50亚型各75例，临床结果相关。这两个队列分别进行分析，我们对所有300个样本中的4214种蛋白质进行定量。在侵袭性PAM 50分类的基底样病例中，蛋白质组学分析揭示了两组，其中一组具有特征性免疫热表达特征和高度有利的存活。Her 2-富集的病例分为细胞外基质、脂质代谢和免疫应答特征不同的异质组。在88例三阴性乳腺癌中，四个蛋白质组簇显示出基础免疫热、基础免疫冷、间充质和管腔的特征，具有不同的生存结局。我们的蛋白质组学分析以临床适用的方式表征乳腺癌的异质性，识别潜在的生物标志物和治疗靶点，并为临床乳腺癌分类提供资源。蛋白质水平信息能够识别乳腺癌的潜在生物标志物和治疗靶点。在这里，作者对2组乳腺癌手术标本进行了蛋白质组学分析，并确定了不同的亚型，免疫特征和生存结果。
Despite advances in genomic classification of breast cancer, current clinical tests and treatment decisions are commonly based on protein level information. Formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue specimens with extended clinical outcomes are widely available. Here, we perform comprehensive proteomic profiling of 300 FFPE breast cancer surgical specimens, 75 of each PAM50 subtype, from patients diagnosed in 2008-2013 (n = 178) and 1986-1992 (n = 122) with linked clinical outcomes. These two cohorts are analyzed separately, and we quantify 4214 proteins across all 300 samples. Within the aggressive PAM50-classified basal-like cases, proteomic profiling reveals two groups with one having characteristic immune hot expression features and highly favorable survival. Her2-Enriched cases separate into heterogeneous groups differing by extracellular matrix, lipid metabolism, and immune-response features. Within 88 triple-negative breast cancers, four proteomic clusters display features of basal-immune hot, basal-immune cold, mesenchymal, and luminal with disparate survival outcomes. Our proteomic analysis characterizes the heterogeneity of breast cancer in a clinically-applicable manner, identifies potential biomarkers and therapeutic targets, and provides a resource for clinical breast cancer classification. Protein level information enables the identification of potential biomarkers and therapeutic targets for breast cancer. Here, the authors perform proteomic analysis of 2 cohorts of breast cancer surgical specimens and identify distinct subtypes, immune features and survival outcomes.
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