DichroMatch: a website for similarity searching of circular dichroism spectra.
DichroMatch: a website for similarity searching of circular dichroism spectra.
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DOI：
10.1093/nar/gks449
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发表时间：
2012-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Janes RW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Klose DP;Wallace BA;Janes RW
圆二色性（CD）光谱是一种广泛用于检查蛋白质结构、折叠和构象变化的方法。开发了一种新的在线CD分析服务器（DichroMatch），用于通过检测可能的结构和功能相关的蛋白质和同系物来识别具有相似光谱特征的蛋白质。DichroMatch包括六种不同的方法，用于确定查询蛋白质光谱的光谱最近邻，并提供这些光谱的相似程度的度量，如果对应的晶体结构可用于最接近的匹配蛋白质，则提供有关其二级结构和折叠分类的信息。默认情况下，DichroMatch使用蛋白质圆二色性数据库（PCDDB）中的所有条目作为其比较集，提供最广泛的公开可用蛋白质光谱以与未知蛋白质匹配。或者，用户可以下载或创建自己的专业数据集，从而能够比较相关蛋白质的结构，例如野生型与突变体或同源物或不同条件下同一蛋白质的一系列光谱。DichroMatch服务器可在http://dichromatch.cryst.bbk.ac.uk上免费获得。
Circular dichroism (CD) spectroscopy is a widely used method for examining the structure, folding and conformational changes of proteins. A new online CD analysis server (DichroMatch) has been developed for identifying proteins with similar spectral characteristics by detecting possible structurally and functionally related proteins and homologues. DichroMatch includes six different methods for determining the spectral nearest neighbours to a query protein spectrum and provides metrics of how similar these spectra are and, if corresponding crystal structures are available for the closest matched proteins, information on their secondary structures and fold classifications. By default, DichroMatch uses all the entries in the Protein Circular Dichroism Data Bank (PCDDB) for its comparison set, providing the broadest range of publicly available protein spectra to match with the unknown protein. Alternatively, users can download or create their own specialized data sets, thereby enabling comparisons between the structures of related proteins such as wild-type versus mutants or homologues or a series of spectra of the same protein under different conditions. The DichroMatch server is freely available at http://dichromatch.cryst.bbk.ac.uk.
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