Detecting and Profiling Endogenous RNA G-Quadruplexes in the Human Transcriptome.
Detecting and Profiling Endogenous RNA G-Quadruplexes in the Human Transcriptome.
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DOI：
10.3390/ijms22158012
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发表时间：
2021-07-27
影响因子：
5.6
通讯作者：
Sun X
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang R;Liu Y;Zhang X;Xiao K;Hou Y;Liu H;Sun X
G-四链体是优先在富含 G 的区域中形成的非规范核酸结构。该结构已被证明与许多生物功能相关。尽管在 DNA G 四链体方面做出了广泛的努力，但我们对 RNA G 四链体的了解仍然有限，尤其是在转录组范围内。在此，通过整合 DMS-seq 和生物信息学流程，我们对人类转录组中的 RNA G 四联体进行了分析和描述。特定区域含有 RNA G 四链体的基因与免疫途径和 COVID-19 相关基因组显着相关。生物信息学分析揭示了 G-四链体对整个转录组规模的 miRNA 的潜在调控功能。此外，G-四链体在假定的而非真实的 PAS 强聚 (A) 位点中被耗尽，这可能会削弱此类位点作为真实切割位点的可能性。简而言之，我们的研究深入了解了 RNA G 四链体在转录后的潜在功能。
G-quadruplexes are the non-canonical nucleic acid structures that are preferentially formed in G-rich regions. This structure has been shown to be associated with many biological functions. Regardless of the broad efforts on DNA G-quadruplexes, we still have limited knowledge on RNA G-quadruplexes, especially in a transcriptome-wide manner. Herein, by integrating the DMS-seq and the bioinformatics pipeline, we profiled and depicted the RNA G-quadruplexes in the human transcriptome. The genes that contain RNA G-quadruplexes in their specific regions are significantly related to immune pathways and the COVID-19-related gene sets. Bioinformatics analysis reveals the potential regulatory functions of G-quadruplexes on miRNA targeting at the scale of the whole transcriptome. In addition, the G-quadruplexes are depleted in the putative, not the real, PAS-strong poly(A) sites, which may weaken the possibility of such sites being the real cleaved sites. In brief, our study provides insight into the potential function of RNA G-quadruplexes in post-transcription.
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