cblaster: a remote search tool for rapid identification and visualization of homologous gene clusters.
cblaster: a remote search tool for rapid identification and visualization of homologous gene clusters.
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DOI：
10.1093/bioadv/vbab016
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
参与协调生物学途径的基因，包括代谢、耐药和毒力，经常作为基因簇共定位。识别同源基因簇有助于研究其功能和进化，然而，现有的工具仅限于搜索本地序列数据库。为了跟上在线基因组数据的快速增长，远程搜索公共数据库的工具是必要的。在这里，我们提出了cblaster，一个基于python的工具来快速检测本地和远程数据库中的配位基因。Cblaster易于使用，提供命令行和用户友好的图形用户界面。它产生的输出能够实现大型数据集的直观可视化，并且可以很容易地纳入更大的生物信息学管道。Cblaster是比较基因组工具箱的重要更新。cblaster的源代码和文档在MIT许可下可以从GitHub免费获得（github.com/gamcil/cblaster）。补充数据可在生物信息学进展在线获取。
Genes involved in coordinated biological pathways, including metabolism, drug resistance and virulence, are often collocalized as gene clusters. Identifying homologous gene clusters aids in the study of their function and evolution, however, existing tools are limited to searching local sequence databases. Tools for remotely searching public databases are necessary to keep pace with the rapid growth of online genomic data. Here, we present cblaster, a Python-based tool to rapidly detect collocated genes in local and remote databases. cblaster is easy to use, offering both a command line and a user-friendly graphical user interface. It generates outputs that enable intuitive visualizations of large datasets and can be readily incorporated into larger bioinformatic pipelines. cblaster is a significant update to the comparative genomics toolbox. cblaster source code and documentation is freely available from GitHub under the MIT license (github.com/gamcil/cblaster). Supplementary data are available at Bioinformatics Advances online.
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影响因子：
10.7
作者：
Medema MH;Takano E;Breitling R
通讯作者：
Breitling R
Biopython：用于计算分子生物学和生物信息学的免费 Python 工具。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
9.4
作者：
Liu, Zhenhua;Duran, Hernando G. Suarez;Osbourn, Anne
通讯作者：
Osbourn, Anne
DOI：
10.1073/pnas.0708242104
发表时间：
2007-10-16
影响因子：
11.1
作者：
Fujimori, Danica Galonic;Hrvatin, Sinisa;Walsh, Christopher T.
通讯作者：
Walsh, Christopher T.
影响因子：
7
作者：
Lee, JM;Sonnhammer, ELL
通讯作者：
Sonnhammer, ELL