Detecting sequence homology at the gene cluster level with MultiGeneBlast.
Detecting sequence homology at the gene cluster level with MultiGeneBlast.
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DOI：
10.1093/molbev/mst025
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发表时间：
2013-05
影响因子：
10.7
通讯作者：
Breitling R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Medema MH;Takano E;Breitling R
编码许多生物分子系统和途径的基因在基因组上以操纵子或基因簇的形式组织。使用MultiGeneBlast，我们提供了一个用户友好和有效的工具，以操纵子或基因簇为基本单位，而不是单个基因进行同源性搜索。通过MultiGeneBlast提供的背景化，用户可以更好地了解这些基因组区域的功能、进化史和实际应用。该工具配备了从GenBank或用户自己的序列数据生成搜索数据库的应用程序。最后，架构搜索模式允许通过检测具有任何用户指定的基因组合的基因组区域来搜索具有新配置的基因簇。源代码，预编译的二进制文件，以及MultiGeneBlast的图形教程可从http://multigeneblast.sourceforge.net/免费获得。
The genes encoding many biomolecular systems and pathways are genomically organized in operons or gene clusters. With MultiGeneBlast, we provide a user-friendly and effective tool to perform homology searches with operons or gene clusters as basic units, instead of single genes. The contextualization offered by MultiGeneBlast allows users to get a better understanding of the function, evolutionary history, and practical applications of such genomic regions. The tool is fully equipped with applications to generate search databases from GenBank or from the user’s own sequence data. Finally, an architecture search mode allows searching for gene clusters with novel configurations, by detecting genomic regions with any user-specified combination of genes. Sources, precompiled binaries, and a graphical tutorial of MultiGeneBlast are freely available from http://multigeneblast.sourceforge.net/.
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