A nonredundant structure dataset for benchmarking protein-RNA computational docking.
A nonredundant structure dataset for benchmarking protein-RNA computational docking.
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DOI：
10.1002/jcc.23149
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发表时间：
2013-02-05
影响因子：
3
通讯作者：
Zou, Xiaoqin
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Huang, Sheng-You;Zou, Xiaoqin
蛋白质-RNA相互作用在许多生物过程中起着重要作用。通过对接预测蛋白质-RNA复合物的分子结构的能力对于理解潜在的化学机制是有价值的。我们开发了一种新的非冗余基准数据集，用于蛋白质-RNA对接和评分。72个靶标的多样化数据集由52个未结合-未结合的测试复合物和20个未结合-结合的测试复合物组成。在此，未结合-未结合复合物是指共结晶复合物的两个结合配偶体都是apo形式或来自不同蛋白质-RNA复合物的构象的情况，而未结合-结合复合物是指两个结合配偶体中只有一个具有另一种实验确定的构象的情况。根据界面RMSD和未结合结构中原生接触的百分比，将数据集分为三类：49个简单目标，16个中等目标和7个困难目标。基准数据集的绑定和未绑定的情况下，预计将有利于对接社区的对接和评分算法的开发和改进。所有易于查看的结构都可以在http://zoulab.dalton.missouri.edu/RNAbenchmark/上免费向公众提供。
Protein-RNA interactions play an important role in many biological processes. The ability to predict the molecular structures of protein-RNA complexes from docking would be valuable for understanding the underlying chemical mechanisms. We have developed a novel non-redundant benchmark dataset for protein-RNA docking and scoring. The diverse dataset of 72 targets consists of 52 unbound-unbound test complexes, and 20 unbound-bound test complexes. Here, unbound-unbound complexes refer to cases in which both binding partners of the co-crystallized complex are either in apo form or in a conformation taken from a different protein-RNA complex, whereas unbound-bound complexes are cases in which only one of the two binding partners has another experimentally determined conformation. The dataset is classified into three categories according to the interface RMSD and the percentage of native contacts in the unbound structures: 49 easy, 16 medium, and 7 difficult targets. The bound and unbound cases of the benchmark dataset are expected to benefit the development and improvement of docking and scoring algorithms for the docking community. All the easy-to-view structures are freely available to the public at http://zoulab.dalton.missouri.edu/RNAbenchmark/.
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影响因子：
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作者：
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通讯作者：
Shoichet, Brian K.
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作者：
Huang, Sheng-You;Zou, Xiaoqin
通讯作者：
Zou, Xiaoqin
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Dunbar JB Jr;Smith RD;Yang CY;Ung PM;Lexa KW;Khazanov NA;Stuckey JA;Wang S;Carlson HA
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作者：
Leontis, NB;Stombaugh, J;Westhof, E
通讯作者：
Westhof, E
DOI：
10.1002/prot.10390
发表时间：
2003-07-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
Chen, R;Mintseris, J;Weng, ZP
通讯作者：
Weng, ZP