The Biomolecular Interaction Network Database in PSI-MI 2.5.
The Biomolecular Interaction Network Database in PSI-MI 2.5.
复制标题
PSI-MI 2.5中的生物分子相互作用网络数据库。
DOI：
10.1093/database/baq037
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bader GD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Isserlin R;El-Badrawi RA;Bader GD
生物分子相互作用网络数据库（BIND）是策划的生物分子相互作用的主要来源，在过去的几年里一直没有得到维护，这一趋势最终将导致大量独特的生物分子相互作用信息的丢失，主要是因为数据库标识符变得过时。为了帮助扭转这一趋势，我们将BIND转换为标准格式，蛋白质组学标准倡议-分子相互作用2.5，从最后一次策划数据发布（从2005年开始）开始，以自定义XML格式提供，并提供核心组件（相互作用和复合物）以及其他有价值的策划信息供下载（http：//download.baderlab.org/BINDTranslation/）。转换过程中的主要工作是更新过时的分子标识符，从而通过包括所涵盖的物种数量和相互作用物类型在内的措施，使BIND的转换比目前在其他地方可获得的更全面。这项工作还突出了数据建模，控制词汇表采用和数据清洗，可以作为一个一般的案例研究的未来兼容性的交互数据库的问题。数据库URL：http://download.baderlab.org/BINDTranslation/
The Biomolecular Interaction Network Database (BIND) is a major source of curated biomolecular interactions, which has been unmaintained for the last few years, a trend which will eventually result in the loss of a significant amount of unique biomolecular interaction information, mostly as database identifiers become out of date. To help reverse this trend, we converted BIND to a standard format, Proteomics Standard Initiative-Molecular Interaction 2.5, starting from the last curated data release (from 2005) available in a custom XML format and made the core components (interactions and complexes) plus additional valuable curated information available for download (http://download.baderlab.org/BINDTranslation/). Major work during the conversion process was required to update out of date molecule identifiers resulting in a more comprehensive conversion of BIND, by measures including number of species and interactor types covered, than what is currently accessible elsewhere. This work also highlights issues of data modeling, controlled vocabulary adoption and data cleaning that can serve as a general case study on the future compatibility of interaction databases. Database URL: http://download.baderlab.org/BINDTranslation/
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