EPIC-CoGe: managing and analyzing genomic data.
EPIC-CoGe: managing and analyzing genomic data.
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/bty106
复制
发表时间：
2018-08-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Lyons E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nelson ADL;Haug-Baltzell AK;Davey S;Gregory BD;Lyons E
EPIC-CoGe浏览器是一个基于web的基因组可视化工具，它集成了GMOD JBrowse基因组浏览器和广泛的CoGe基因组数据库（目前包含超过30,000个基因组）。此外，EPIC-CoGe浏览器在基本的JBrowse上拥有许多额外的功能，包括增强的搜索功能和实时分析，用于比较和分析所有类型的功能和多样性基因组学数据。不需要安装，数据（基因组、注释、功能基因组和多样性数据）可以通过简单的点击向导加载，或者使用REST API，使所有计算技能水平的研究人员都可以广泛访问和轻松使用该浏览器。此外，EPIC-CoGe和数据轨迹很容易嵌入到其他网站和JBrowse实例中。EPIC-CoGe浏览器可通过CoGe免费在线使用（https://genomevolution.org）。源代码（MIT开放源代码）可获得：https://github.com/LyonsLab/coge。补充数据可在生物信息学网站获得。
The EPIC-CoGe browser is a web-based genome visualization utility that integrates the GMOD JBrowse genome browser with the extensive CoGe genome database (currently containing over 30 000 genomes). In addition, the EPIC-CoGe browser boasts many additional features over basic JBrowse, including enhanced search capability and on-the-fly analyses for comparisons and analyses between all types of functional and diversity genomics data. There is no installation required and data (genome, annotation, functional genomic and diversity data) can be loaded by following a simple point and click wizard, or using a REST API, making the browser widely accessible and easy to use by researchers of all computational skill levels. In addition, EPIC-CoGe and data tracks are easily embedded in other websites and JBrowse instances. EPIC-CoGe Browser is freely available for use online through CoGe (https://genomevolution.org). Source code (MIT open source) is available: https://github.com/LyonsLab/coge. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
影响因子：
12.3
作者：
Buels R;Yao E;Diesh CM;Hayes RD;Munoz-Torres M;Helt G;Goodstein DM;Elsik CG;Lewis SE;Stein L;Holmes IH
通讯作者：
Holmes IH
影响因子：
7.2
作者：
Lyons, Eric;Freeling, Michael
通讯作者：
Freeling, Michael