Improvement in group identification of dojo loach, Misgurnus anguillicaudatus, using PCR-restriction fragment length polymorphism
Improvement in group identification of dojo loach, Misgurnus anguillicaudatus, using PCR-restriction fragment length polymorphism
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利用 PCR 限制性片段长度多态性改进道场泥鳅 (Misgurnus anguillicaudatus) 的群体鉴定
DOI：
10.1007/s12686-021-01230-7
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发表时间：
2021
影响因子：
1.1
通讯作者：
Katsutoshi Arai
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Masamichi Kuroda,Takafumi Fujimoto;Etsuro Yamaha;Katsutoshi Arai
在大多数日本种群中，存在遗传多样性群体(A和B，进一步细分为B1和B2)的雌雄配子体二倍体，而单性无性系谱系生活在日本北海道和石川县的某些地方。通过包括DNA标记在内的一系列遗传研究，认为这些无性系泥鳅起源于A和B1群体之间的杂交事件(S)。然而，需要与其他DNA标记相结合的分析来识别每个遗传群体。在本研究中，我们用PvuII和StuI两种限制性内切酶改进了结合激活基因1(RAG1)基因的限制性片段长度多态性(RFLP)分析。改进后的RAG1-RFLP分析结果显示，A组有2个片段(245和198)个片段，B1组有3个片段(198、147和98个核苷酸)，B2组有1个片段(443个碱基)。克隆泥鼠有4个片段(245、198、147和98个碱基)，分别来自A和B1组。此外，该标记还能检测到A × B2和B1 × B2两种不同的杂交种。因此，改进的RAG1-RFLP标记可以快速准确地对道场泥鳅进行群体识别。
In most Japanese populations of dojo loach (Misgurnus anguillicaudatus), gonochoristic diploids of genetically diversified groups (A and B, further subdivided into B1 and B2) are present, whereas unisexual clonal lineages inhabit certain localities in the Hokkaido and Ishikawa Prefectures in Japan. Through a series of genetic studies including DNA markers, the clonal loaches were deemed to originate from a hybridization event(s) between the A and B1 groups. However, combined analyses with other DNA markers are needed to identify each genetic group. In this study, we improved the PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis of therecombination activating gene 1(RAG1) gene using digestion with two restriction enzymes,PvuII andStuI. The improvedRAG1-RFLP analysis showed different fragment patterns for each group: two fragments (245 and 198 bp) for group A, three fragments (198, 147, and 98 bp) for group B1, and a single fragment (443 bp) for group B2. The clonal loaches exhibited four fragments (245, 198, 147, and 98 bp) derived from both groups A and B1. Moreover, the DNA markers were able to detect two different hybrid genotypes (A × B2 and B1 × B2). Thus, the improvedRAG1-RFLP markers allowed for quick and accurate group identification of the dojo loaches.
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