SSBD: a database of quantitative data of spatiotemporal dynamics of biological phenomena.
SSBD: a database of quantitative data of spatiotemporal dynamics of biological phenomena.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btw417
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发表时间：
2016-11-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Onami S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tohsato Y;Ho KH;Kyoda K;Onami S
动机：活细胞成像分析和数学建模的快速发展已经产生了大量关于从分子到生物体的生物对象的时空动力学的量化数据。现在迫切需要以连贯和系统的方式将这些大量的定量生物动力学数据集中在一起。这将有助于重复使用这些数据以进行进一步分析。结果：建立了生物动力学系统科学数据库(SSBD)，实现了定量生物动力学数据的存储和共享。SSBD目前在从大肠杆菌到小鼠的各种模式生物中提供了311组单分子、核和整个生物体的定量数据。数据以生物动力学标记语言格式提供，也通过REST API提供。此外，SSBD还提供188套时间推移显微镜图像，从中获得定量数据以及用于数据可视化和分析的软件工具。可用性和实施：可在http://ssbd.qbic.riken.jp.上访问SSBD联系人：sonami@riken.jp
Motivation: Rapid advances in live-cell imaging analysis and mathematical modeling have produced a large amount of quantitative data on spatiotemporal dynamics of biological objects ranging from molecules to organisms. There is now a crucial need to bring these large amounts of quantitative biological dynamics data together centrally in a coherent and systematic manner. This will facilitate the reuse of this data for further analysis. Results: We have developed the Systems Science of Biological Dynamics database (SSBD) to store and share quantitative biological dynamics data. SSBD currently provides 311 sets of quantitative data for single molecules, nuclei and whole organisms in a wide variety of model organisms from Escherichia coli to Mus musculus. The data are provided in Biological Dynamics Markup Language format and also through a REST API. In addition, SSBD provides 188 sets of time-lapse microscopy images from which the quantitative data were obtained and software tools for data visualization and analysis. Availability and Implementation: SSBD is accessible at http://ssbd.qbic.riken.jp. Contact: sonami@riken.jp
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu767
发表时间：
2015-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Kyoda K;Tohsato Y;Ho KH;Onami S
通讯作者：
Onami S
影响因子：
3.7
作者：
Bashar MK;Komatsu K;Fujimori T;Kobayashi TJ
通讯作者：
Kobayashi TJ
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt765
发表时间：
2014-05-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Jupp S;Malone J;Bolleman J;Brandizi M;Davies M;Garcia L;Gaulton A;Gehant S;Laibe C;Redaschi N;Wimalaratne SM;Martin M;Le Novère N;Parkinson H;Birney E;Jenkinson AM
通讯作者：
Jenkinson AM
影响因子：
7.8
作者：
Kimura, Akatsuki;Onami, Shuichi
通讯作者：
Onami, Shuichi
影响因子：
--
作者：
Li C;Donizelli M;Rodriguez N;Dharuri H;Endler L;Chelliah V;Li L;He E;Henry A;Stefan MI;Snoep JL;Hucka M;Le Novère N;Laibe C
通讯作者：
Laibe C