Simultaneous and stoichiometric purification of hundreds of oligonucleotides.
Simultaneous and stoichiometric purification of hundreds of oligonucleotides.
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数百个寡核苷酸的同时和化学计量纯化。
DOI：
10.1038/s41467-018-04870-w
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发表时间：
2018-06-25
影响因子：
16.6
通讯作者：
Zhang DY
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pinto A;Chen SX;Zhang DY
寡核苷酸的纯化传统上依赖于基于迁移率的分离方法。然而，这些都是不完美的、有偏见的，并且难以扩展高复用性。在这里，我们提出了一种同时纯化许多寡核苷酸的方法，该方法还可以标准化浓度。该方法使用合理设计的随机捕获探针来富集具有完美 5' 序列的寡核苷酸，其基于合成错误相关性的观察：在一个区域中具有一个或多个缺失的产物分子也更有可能在其他区域中具有缺失。 64 重 70nt 纯化产品的新一代测序分析显示，中位纯度为 78%，比聚丙烯酰胺凝胶电泳和高压液相色谱（中位纯度 60%）有显着改进。此外，89% 的寡核苷酸产品的浓度在中值浓度的 2 倍以内。化学合成的 DNA 寡核苷酸 (oligos) 需要纯化以去除截短的物质。在这里，作者开发了一种用于寡核苷酸纯化的高通量方法，该方法还可以标准化最终样品中寡核苷酸的浓度。
Purification of oligonucleotides has traditionally relied on mobility-based separation methods. However, these are imperfect, biased, and difficult to scale high multiplex. Here, we present a method for simultaneous purification of many oligonucleotides that also normalizes concentrations. The method uses a rationally designed randomer capture probe to enrich for oligos with perfect 5′ sequences, based on the observation that synthesis errors are correlated: product molecules with one or more deletions in one region are also more likely to have deletions in other regions. Next-generation sequencing analysis of 64-plex 70 nt purification products show a median 78% purity, a significant improvement over polyacrylamide gel electrophoresis and high pressure liquid chromatography (60% median purity). Additionally, 89% of the oligo products are within a factor of 2 of the median concentration. Chemically synthesized DNA oligonucleotides (oligos) require purification to remove truncated species. Here, the authors developed a high-throughput method for oligo purification that also normalises the concentrations of the oligos in the final samples.
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