A neutralizing epitope on the SD1 domain of SARS-CoV-2 spike targeted following infection and vaccination.
A neutralizing epitope on the SD1 domain of SARS-CoV-2 spike targeted following infection and vaccination.
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DOI：
10.1016/j.celrep.2022.111276
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发表时间：
2022-08-23
期刊：
影响因子：
8.8
通讯作者：
Doores, Katie J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Seow, Jeffrey;Khan, Hataf;Rosa, Annachiara;Calvares, Valeria;Graham, Carl;Pickering, Suzanne;Pye, Valerie E.;Cronin, Nora B.;Huettner, Isabella;Malim, Michael H.;Politis, Argyris;Cherepanov, Peter;Doores, Katie J.
严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）刺突是感染和接种疫苗后引发的中和抗体的目标。虽然广泛的研究表明，受体结合结构域（RBD）和在较小程度上，N-末端结构域（NTD）是中和抗体的主要靶标，但鉴定这些区域以外的中和表位对于告知疫苗开发和理解抗体介导的免疫逃逸是重要的。在这里，我们确定了一类广泛的中和抗体，结合刺突亚结构域1（SD 1）上的表位，并已产生的感染或疫苗接种。使用冷冻电子显微镜（cryo-EM）和氢-氘交换耦合质谱（HDX-MS），我们表明，SD 1特异性抗体P008_60结合的表位，这是无法访问的典型的融合前状态的SARS冠状病毒-2尖峰，这表明一个短暂的构象的病毒糖蛋白，是容易被中和。鉴定了刺突亚结构域1（SD 1）上的中和表位。SD 1表位在当前SARS-CoV-2变体和由感染和疫苗接种产生的SARS-CoV SD 1抗体之间是保守的，Cryo-EM揭示了SD 1表位在许多SARS-CoV-2刺突结构上被封闭。鉴定一类广泛中和抗体，其结合刺突亚结构域1（SD 1）上的保守表位并且在感染和疫苗接种后引发。SD 1表位闭塞的穗融合前结构，表明结合到穗的构象状态。
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike is the target for neutralizing antibodies elicited following both infection and vaccination. While extensive research has shown that the receptor binding domain (RBD) and, to a lesser extent, the N-terminal domain (NTD) are the predominant targets for neutralizing antibodies, identification of neutralizing epitopes beyond these regions is important for informing vaccine development and understanding antibody-mediated immune escape. Here, we identify a class of broadly neutralizing antibodies that bind an epitope on the spike subdomain 1 (SD1) and that have arisen from infection or vaccination. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM) and hydrogen-deuterium exchange coupled to mass spectrometry (HDX-MS), we show that SD1-specific antibody P008_60 binds an epitope that is not accessible within the canonical prefusion states of the SARS-CoV-2 spike, suggesting a transient conformation of the viral glycoprotein that is vulnerable to neutralization. A neutralizing epitope on spike subdomain 1 (SD1) is identified The SD1 epitope is conserved between current SARS-CoV-2 variants and SARS-CoV SD1 antibodies arise from infection and vaccination Cryo-EM reveals the SD1 epitope is occluded on many SARS-CoV-2 spike structures Seow et al. identify a class of broadly neutralizing antibodies that bind a conserved epitope on the spike subdomain 1 (SD1) and that are elicited following infection and vaccination. The SD1 epitope is occluded on spike prefusion structures, suggesting binding to a conformational state of spike.
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影响因子：
64.8
作者：
Barnes CO;Jette CA;Abernathy ME;Dam KA;Esswein SR;Gristick HB;Malyutin AG;Sharaf NG;Huey-Tubman KE;Lee YE;Robbiani DF;Nussenzweig MC;West AP Jr;Bjorkman PJ
通讯作者：
Bjorkman PJ
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
DOI：
10.1093/bioinformatics/btaa677
发表时间：
2021-04-19
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Lau AM;Claesen J;Hansen K;Politis A
通讯作者：
Politis A
DOI：
10.1126/science.abi6226
发表时间：
2021-08-06
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Gobeil SM;Janowska K;McDowell S;Mansouri K;Parks R;Stalls V;Kopp MF;Manne K;Li D;Wiehe K;Saunders KO;Edwards RJ;Korber B;Haynes BF;Henderson R;Acharya P
通讯作者：
Acharya P
DOI：
10.1107/s2059798318006551
发表时间：
2018-06-01
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Structural biology
影响因子：
--
作者：
Afonine PV;Poon BK;Read RJ;Sobolev OV;Terwilliger TC;Urzhumtsev A;Adams PD
通讯作者：
Adams PD