Common genes underlying asthma and COPD? Genome-wide analysis on the Dutch hypothesis.
Common genes underlying asthma and COPD? Genome-wide analysis on the Dutch hypothesis.
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DOI：
10.1183/09031936.00001914
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发表时间：
2014-10
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Postma DS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Smolonska J;Koppelman GH;Wijmenga C;Vonk JM;Zanen P;Bruinenberg M;Curjuric I;Imboden M;Thun GA;Franke L;Probst-Hensch NM;Nürnberg P;Riemersma RA;van Schayck CP;Loth DW;Brusselle GG;Stricker BH;Hofman A;Uitterlinden AG;Lahousse L;London SJ;Loehr LR;Manichaikul A;Barr RG;Donohue KM;Rich SS;Pare P;Bossé Y;Hao K;van den Berge M;Groen HJ;Lammers JW;Mali W;Boezen HM;Postma DS
哮喘和慢性阻塞性肺疾病（COPD）被认为具有相同的遗传背景（“荷兰假说”）。我们调查了哮喘和COPD是否有共同的潜在遗传因素，对哮喘和COPD进行了全基因组关联研究，并将结果整合到meta分析中。三个位点显示可能参与这两种疾病：chr2p24.3, chr5q23.1和chr13q14.2，分别含有DDX1， COMMD10（均参与NFκβ通路）和GNG5P5。GNG5P5中的SNP rs9534578在第一阶段复制后达到全基因组显著性（p=9.96·*10−9）。在7个独立队列中的第二阶段重复没有发现显著的重复。在血液和肺中对前20个相关snp进行eQTL分析，发现COMMD10中有两个snp影响基因表达。哮喘和COPD的炎症过程不同，由NFκβ介导，可能由相同的潜在基因COMMD10和DDX1驱动。没有一个snp具有全基因组意义。我们的eQTL研究支持两个COMMD10 snp的功能作用，因为它们影响血细胞和肺组织中的基因表达。我们的研究结果要么表明哮喘和慢性阻塞性肺病没有共同的遗传成分，要么是不同的环境因素，如不同国家和大陆的生活方式和职业，可能掩盖了遗传的共同贡献。
Asthma and chronic obstructive pulmonary disease (COPD) are thought to share a genetic background (“Dutch hypothesis”). We investigated whether asthma and COPD have common underlying genetic factors, performing genome-wide association studies for both asthma and COPD and combining the results in meta-analyses. Three loci showed potential involvement in both diseases: chr2p24.3, chr5q23.1 and chr13q14.2, containing DDX1, COMMD10 (both participating in the NFκβ pathway) and GNG5P5, respectively. SNP rs9534578 in GNG5P5 reached genome-wide significance after first stage replication (p=9.96·*10−9). The second stage replication in seven independent cohorts provided no significant replication. eQTL analysis in blood and lung on the top 20 associated SNPs identified two SNPs in COMMD10 influencing gene expression. Inflammatory processes differ in asthma and COPD and are mediated by NFκβ, which could be driven by the same underlying genes, COMMD10 and DDX1. None of the SNPs reached genome-wide significance. Our eQTL studies support a functional role of two COMMD10 SNPs, since they influence gene expression in both blood cells and lung tissue. Our findings either suggest that there is no common genetic component in asthma and COPD or, alternatively, different environmental factors, like lifestyle and occupation in different countries and continents may have obscured the genetic common contribution.
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