HIPPIE v2.0: enhancing meaningfulness and reliability of protein-protein interaction networks.
HIPPIE v2.0: enhancing meaningfulness and reliability of protein-protein interaction networks.
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DOI：
10.1093/nar/gkw985
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Schaefer MH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Alanis-Lobato G;Andrade-Navarro MA;Schaefer MH
越来越多的实验检测到的蛋白质之间的相互作用使得研究人员难以提取与特定生物过程或疾病相关的相互作用。这使得有必要伴随大规模检测蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）的策略和工具，以产生有意义的PPI子网络。为此，我们生成了人类整合蛋白质-蛋白质相互作用参考或HIPPIE（http：//cbdm.uni-mainz.de/hippie/）。HIPPIE是生成和解释与特定研究问题相关的PPI网络的一站式资源。我们提供了生成高度可靠的、特定于上下文的PPI网络的方法，并使它们变得有意义。我们刚刚发布了HIPPIE的第二个主要更新，实现了各种新功能。HIPPIE在过去几年中大幅增长，现在包含超过27万个置信度评分和注释的PPI。我们整合了不同类型的实验信息，用于置信度评分和上下文特定网络的构建。我们实现了基本的图形算法，突出了重要的蛋白质和相互作用。HIPPIE的图形界面为湿实验室和计算科学家提供了多种访问PPI数据的方法。
The increasing number of experimentally detected interactions between proteins makes it difficult for researchers to extract the interactions relevant for specific biological processes or diseases. This makes it necessary to accompany the large-scale detection of protein–protein interactions (PPIs) with strategies and tools to generate meaningful PPI subnetworks. To this end, we generated the Human Integrated Protein–Protein Interaction rEference or HIPPIE (http://cbdm.uni-mainz.de/hippie/). HIPPIE is a one-stop resource for the generation and interpretation of PPI networks relevant to a specific research question. We provide means to generate highly reliable, context-specific PPI networks and to make sense out of them. We just released the second major update of HIPPIE, implementing various new features. HIPPIE grew substantially over the last years and now contains more than 270 000 confidence scored and annotated PPIs. We integrated different types of experimental information for the confidence scoring and the construction of context-specific networks. We implemented basic graph algorithms that highlight important proteins and interactions. HIPPIE's graphical interface implements several ways for wet lab and computational scientists alike to access the PPI data.
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影响因子：
5.4
作者：
de Silva, Eric;Thorne, Thomas;Ingram, Piers;Agrafioti, Ino;Swire, Jonathan;Wiuf, Carsten;Stumpf, Michael P. H.
通讯作者：
Stumpf, Michael P. H.
影响因子：
4.3
作者：
Barshir R;Shwartz O;Smoly IY;Yeger-Lotem E
通讯作者：
Yeger-Lotem E
影响因子：
12.3
作者：
Hart GT;Ramani AK;Marcotte EM
通讯作者：
Marcotte EM
影响因子：
5.8
作者：
Lopes, Tiago J. S.;Schaefer, Martin;Kitano, Hiroaki
通讯作者：
Kitano, Hiroaki
DOI：
10.1126/science.1262110
发表时间：
2015-05-08
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
GTEx Consortium
通讯作者：
GTEx Consortium