A novel approach for microRNA in situ hybridization using locked nucleic acid probes.
A novel approach for microRNA in situ hybridization using locked nucleic acid probes.
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DOI：
10.1038/s41598-021-83888-5
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发表时间：
2021-02-24
影响因子：
4.6
通讯作者：
Pedersen OB
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Paulsen IW;Bzorek M;Olsen J;Grum-Schwensen B;Troelsen JT;Pedersen OB
使用原位杂交 (ISH) 和地高辛标记的锁核酸 (LNA) 探针来鉴定靶组织 microRNA (miR) 会受到分析前参数的影响。为了确定常见 microRNA 的最佳修复方法，包括了由石蜡包埋的扁桃体、子宫颈、胎盘和增生性前列腺组织组成的多块。将组织固定在 10% 福尔马林中，固定时间为 5-144 小时 (h)。从多块上切下的切片 (5 μm) 接受预处理程序的组合：不同周期的蛋白酶 K (PK) 消化或使用目标修复溶液 (TRS) pH 6.1 或 9 进行热诱导 microRNA 修复 (HmiRR)，有或没有酶处理（胃蛋白酶）。总体类别的结果：TRS pH 9 与 PK； p = 2.9e−23，TRS pH 9 与 TRS pH 6.1； p = 1.1e−14，TRS pH 6.1 与 PK； p = 2.9e−03。长固定时间可实现最佳的 microRNA 保存和染色强度（长与短：p = 3.5e−47，长与中：p = 1.6e−44，中中与短：p = 4.3e−16），使用 HmiRR TRS pH 9（有或没有胃蛋白酶）增强，提供高灵敏度和特异性。这些观察结果与其他 ISH 技术（例如信使核糖核酸）相冲突，后者通常需要较短的固定时间，因此有必要进行进一步的研究。
Identification of target tissue microRNAs (miR) using in situ hybridization (ISH), with digoxigenin-labeled locked nucleic acid (LNA) probes, is influenced by preanalytic parameters. To determine the best retrieval method for common microRNAs, a multiblock composed of paraffin-embedded tonsil, cervix, placenta, and hyperplastic prostate tissue were included. Tissue were fixed in 10% formalin in a range of 5–144 hours (h). Cut sections (5 μm) from the multiblock were subjected to combinations of pretreatment procedures: variable periods of proteinase K (PK) digestion or Heat-induced microRNA Retrieval (HmiRR) using target retrieval solution (TRS) pH 6.1 or 9, with or without enzymatic treatment (pepsin). Results for the overall categories: TRS pH 9 versus PK; p = 2.9e−23, TRS pH 9 versus TRS pH 6.1; p = 1.1e−14, TRS pH 6.1 versus PK; p = 2.9e−03. A long fixation time, resulted in the best microRNA preservation and staining intensity (long vs. short: p = 3.5e−47, long vs. moderate: p = 1.6e−44, moderate vs. short: p = 4.3e−16), was enhanced using HmiRR TRS pH 9 with or without pepsin providing high sensitivity and specificity. These observations conflict with other ISH techniques (e.g., messenger ribonucleic acid), which typically require shorter fixation periods, and therefore, further studies are warranted.
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影响因子：
4.8
作者：
Jorgensen, Stine;Baker, Adam;Nielsen, Boye Schnack
通讯作者：
Nielsen, Boye Schnack
影响因子：
14.8
作者：
de Planell-Saguer, Mariangels;Celina Rodicio, Maria;Mourelatos, Zissimos
通讯作者：
Mourelatos, Zissimos
影响因子：
14.8
作者：
Nuovo, Gerard J.;Elton, Terry S.;Nana-Sinkam, Patrick;Volinia, Stefano;Croce, Carlo M.;Schmittgen, Thomas D.
通讯作者：
Schmittgen, Thomas D.
DOI：
10.1007/978-1-4939-1459-3_14
发表时间：
2014
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Renwick, Neil;Cekan, Pavol;Bognanni, Claudia;Tuschl, Thomas
通讯作者：
Tuschl, Thomas
DOI：
10.1007/978-1-62703-311-4_22
发表时间：
2013-01-01
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Nielsen, Boye Schnack;Holmstrom, Kim
通讯作者：
Holmstrom, Kim