PUB-NChIP--"in vivo biotinylation" approach to study chromatin in proximity to a protein of interest.
PUB-NChIP--"in vivo biotinylation" approach to study chromatin in proximity to a protein of interest.
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DOI：
10.1101/gr.134874.111
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发表时间：
2013-02
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Ogryzko V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shoaib M;Kulyyassov A;Robin C;Winczura K;Tarlykov P;Despas E;Kannouche P;Ramanculov E;Lipinski M;Ogryzko V
我们已经开发了一种称为PUB-NChIP（利用天然ChIP的生物素化的邻近）的方法来纯化和研究与感兴趣的核蛋白邻近的染色质的蛋白质组成。它基于（1）与细菌生物素连接酶BirA融合的目标蛋白，以及（2）与生物素受体肽（BAP）融合的组蛋白的共表达，BAP在目标蛋白附近通过BirA融合特异性生物素化。使用的RAD 18蛋白作为一个模型，我们表明，RAD 18近端染色质是丰富的一些H4乙酰化的物种。此外，含有替换组蛋白H2 AZ的RAD 18近端染色质具有不同的H4乙酰化模式。最后，生物素脉冲追踪实验表明，H4乙酰化模式开始类似于总H4的乙酰化模式后，染色质的接近RAD 18已经失去。
We have developed an approach termed PUB-NChIP (proximity utilizing biotinylation with native ChIP) to purify and study the protein composition of chromatin in proximity to a nuclear protein of interest. It is based on coexpression of (1) a protein of interest, fused with the bacterial biotin ligase BirA, together with (2) a histone fused to a biotin acceptor peptide (BAP), which is specifically biotinylated by BirA-fusion in the proximity of the protein of interest. Using the RAD18 protein as a model, we demonstrate that the RAD18-proximal chromatin is enriched in some H4 acetylated species. Moreover, the RAD18-proximal chromatin containing a replacement histone H2AZ has a different pattern of H4 acetylation. Finally, biotin pulse-chase experiments show that the H4 acetylation pattern starts to resemble the acetylation pattern of total H4 after the proximity of chromatin to RAD18 has been lost.
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