ProtView: A Versatile Tool for In Silico Protease Evaluation and Selection in a Proteomic and Proteogenomic Context.
ProtView: A Versatile Tool for In Silico Protease Evaluation and Selection in a Proteomic and Proteogenomic Context.
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PROTVIEW：在蛋白质组学和蛋白质组情境中用于硅蛋白酶评估和选择的多功能工具。
DOI：
10.1021/acs.jproteome.3c00135
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发表时间：
2023-07-07
影响因子：
4.4
通讯作者：
Zhang, Runxuan
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Puliasis, Sophia S. S.;Lewandowska, Dominika;Hemsley, Piers A. A.;Zhang, Runxuan
已经创建了许多工具来在具有不同蛋白酶的蛋白质组中产生消化，并为根据特定需求选择最佳消化方案提供有用的信息。这可以节省时间和资源，并对可观察到的蛋白质组产生洞察力。然而，仍然需要一种工具来评估蛋白质组域中蛋白质和氨基酸覆盖范围以外的消化方案。在这里，我们介绍了ProtView，一个通用的硅基蛋白酶组合消化评估工作流程，它将硅基消化的多肽映射到蛋白质和基因组参考，以便可以识别蛋白质组、转录组和基因组的潜在可观察部分。蛋白质组鉴定和转录、共转录、转录后、翻译和翻译后调控证据的量化都可以在实验前使用ProtView在电子计算机中进行检查。通过对多种蛋白酶的生物数据进行比较，结果表明ProtView可以正确地评估不同的消化方案的性能。ProtView以一种易于解释的方式提供这些信息，允许在进行实验之前评估消化方案，在可以优化蛋白质组和蛋白质基因组学实验的情况下。ProtView可在以下位置获得。
Many tools have been created to generate in silico proteome digests with different protease enzymes and provide useful information for selecting optimal digest schemes for specific needs. This can save on time and resources and generate insights on the observable proteome. However, there remains a need for a tool that evaluates digest schemes beyond protein and amino acid coverages in the proteomic domain. Here, we present ProtView, a versatile in silico protease combination digest evaluation workflow that maps in silico-digested peptides to both protein and genome references, so that the potential observable portions of the proteome, transcriptome, and genome can be identified. The proteomic identification and quantification of evidence for transcriptional, co-transcriptional, post-transcriptional, translational, and post-translational regulation can all be examined in silico with ProtView prior to an experiment. Benchmarking against biological data comparing multiple proteases shows that ProtView can correctly estimate performances among the digest schemes. ProtView provides this information in a way that is easy to interpret, allowing for digest schemes to be evaluated before carrying out an experiment, in context that can optimize both proteomic and proteogenomic experiments. ProtView is available at .
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影响因子：
3.3
作者：
Cottrell, John S.
通讯作者：
Cottrell, John S.
影响因子：
4.4
作者：
Glatter, Timo;Ludwig, Christina;Schmidt, Alexander
通讯作者：
Schmidt, Alexander
影响因子：
4.4
作者：
Choudhary, G;Wu, SL;Hancock, WS
通讯作者：
Hancock, WS
影响因子：
--
作者：
Doulias PT;Gould NS
通讯作者：
Gould NS
DOI：
10.1073/pnas.1609925113
发表时间：
2016-12-20
影响因子：
11.1
作者：
Tran, Duc T.;Cavett, Valerie J.;Paegel, Brian M.
通讯作者：
Paegel, Brian M.