Structural insights into the dynamics and function of the C-terminus of the E. coli RNA chaperone Hfq.
Structural insights into the dynamics and function of the C-terminus of the E. coli RNA chaperone Hfq.
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DOI：
10.1093/nar/gkq1346
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发表时间：
2011-06
影响因子：
14.9
通讯作者：
Djinovic-Carugo K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Beich-Frandsen M;Vecerek B;Konarev PV;Sjöblom B;Kloiber K;Hämmerle H;Rajkowitsch L;Miles AJ;Kontaxis G;Wallace BA;Svergun DI;Konrat R;Bläsi U;Djinovic-Carugo K
六聚体大肠杆菌RNA伴侣分子Hfq（HfqEc）参与小的反式编码RNA对靶mRNA的核糖核酸调控。不同细菌的Hfq蛋白包含进化上保守的核心，而C-末端的长度是可变的。虽然已经阐明了几种Hfq蛋白的保守核心的结构，但尚未获得C-末端的结构信息。利用生物信息学，核磁共振光谱，同步辐射圆二色性（SRCD）光谱和小角X-射线散射，我们提供了第一次深入了解HfqEc的C-末端延伸的构象和动力学性质。这些研究表明，C-末端是灵活的，并横向延伸远离六聚体核心，以这种方式显示典型的内在无序的蛋白质，促进分子间相互作用的功能。我们确定了一个最小的，本质上无序的C-末端区域支持与较长的RNA片段的相互作用。该最小区域与C-末端延伸的其余部分一起提供了能够束缚长且结构多样的RNA分子的柔性部分。此外，SRCD光谱支持超过一定长度的RNA片段与HfqEc的C-末端相互作用的假设。
The hexameric Escherichia coli RNA chaperone Hfq (HfqEc) is involved in riboregulation of target mRNAs by small trans-encoded RNAs. Hfq proteins of different bacteria comprise an evolutionarily conserved core, whereas the C-terminus is variable in length. Although the structure of the conserved core has been elucidated for several Hfq proteins, no structural information has yet been obtained for the C-terminus. Using bioinformatics, nuclear magnetic resonance spectroscopy, synchrotron radiation circular dichroism (SRCD) spectroscopy and small angle X-ray scattering we provide for the first time insights into the conformation and dynamic properties of the C-terminal extension of HfqEc. These studies indicate that the C-termini are flexible and extend laterally away from the hexameric core, displaying in this way features typical of intrinsically disordered proteins that facilitate intermolecular interactions. We identified a minimal, intrinsically disordered region of the C-terminus supporting the interactions with longer RNA fragments. This minimal region together with rest of the C-terminal extension provides a flexible moiety capable of tethering long and structurally diverse RNA molecules. Furthermore, SRCD spectroscopy supported the hypothesis that RNA fragments exceeding a certain length interact with the C-termini of HfqEc.
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DOI：
10.1073/pnas.0407146102
发表时间：
2005-02-01
影响因子：
11.1
作者：
Bertoncini, CW;Jung, YS;Zweckstetter, M
通讯作者：
Zweckstetter, M
影响因子：
14.9
作者：
Cole C;Barber JD;Barton GJ
通讯作者：
Barton GJ
影响因子：
2.9
作者：
Dunker, AK;Lawson, JD;Obradovic, Z
通讯作者：
Obradovic, Z
影响因子：
2.2
作者：
de la Torre, JG;Huertas, ML;Carrasco, B
通讯作者：
Carrasco, B
DOI：
10.1107/s1744309110009942
发表时间：
2010-05-01
影响因子：
0.9
作者：
Baba, Seiki;Someya, Tatsuhiko;Kumasaka, Takashi
通讯作者：
Kumasaka, Takashi