coliSNP database server mapping nsSNPs on protein structures.
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DOI：
10.1093/nar/gkm801
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Yura K
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kono H;Yuasa T;Nishiue S;Yura K
我们开发了coliSNP，一个数据库服务器（http：//yayoi.kansai.jaea.go.jp/colisnp），它将非同义单核苷酸多态性（nsSNP）映射到蛋白质的三维（3D）结构上。每周一次，从dbSNP数据库下载SNP数据和从蛋白质数据库（PDB）下载蛋白质结构数据，并在coliSNP数据库中自动列出两个数据集的对应关系。给定氨基酸序列、蛋白质名称或PDB ID，服务器将立即在单个页面中提供已知的nsSNP信息，包括由nsSNP引起的氨基酸突变、溶剂可及性、二级结构和突变残基的侧翼残基。还可以观察nsSNP在氨基酸序列内和蛋白质的3D结构上的位置。该数据库提供了关键信息，用于判断观察到的nsSNP是否严重影响蛋白质功能和/或稳定性。据我们所知，这是唯一一个基于网络的nsSNP数据库，它以简洁的方式自动编译SNP和蛋白质信息。
We have developed coliSNP, a database server (http://yayoi.kansai.jaea.go.jp/colisnp) that maps non-synonymous single nucleotide polymorphisms (nsSNPs) on the three-dimensional (3D) structure of proteins. Once a week, the SNP data from the dbSNP database and the protein structure data from the Protein Data Bank (PDB) are downloaded, and the correspondence of the two data sets is automatically tabulated in the coliSNP database. Given an amino acid sequence, protein name or PDB ID, the server will immediately provide known nsSNP information, including the amino acid mutation caused by the nsSNP, the solvent accessibility, the secondary structure and the flanking residues of the mutated residue in a single page. The position of the nsSNP within the amino acid sequence and on the 3D structure of the protein can also be observed. The database provides key information with which to judge whether an observed nsSNP critically affects protein function and/or stability. As far as we know, this is the only web-based nsSNP database that automatically compiles SNP and protein information in a concise manner.
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