Efficient reconstruction of cell lineage trees for cell ancestry and cancer.
Efficient reconstruction of cell lineage trees for cell ancestry and cancer.
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DOI：
10.1093/nar/gkad254
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发表时间：
2023-06-09
影响因子：
14.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
镶嵌突变可用于跟踪细胞祖先，并在癌症进展和发育期间重建高分辨率谱系树，从受精卵的第一次细胞分裂开始。然而，这种方法需要对多个细胞的基因组进行采样和分析，这在谱系表示中可能是冗余的，限制了该方法的可扩展性。我们描述了一种使用来自人皮肤成纤维细胞的克隆诱导多能干细胞系进行成本和时间有效的谱系重建的策略。该方法利用浅测序覆盖率来评估品系的克隆性，聚类冗余品系并将其覆盖率相加以准确地发现相应谱系中的突变。只有一小部分线需要测序的高覆盖率。我们证明了这种方法的有效性重建谱系树在发展过程中和血液恶性肿瘤。我们讨论并提出了一个最佳的实验设计重建谱系树。细胞谱系树的有效重建与癌症。
Mosaic mutations can be used to track cell ancestries and reconstruct high-resolution lineage trees during cancer progression and during development, starting from the first cell divisions of the zygote. However, this approach requires sampling and analyzing the genomes of multiple cells, which can be redundant in lineage representation, limiting the scalability of the approach. We describe a strategy for cost- and time-efficient lineage reconstruction using clonal induced pluripotent stem cell lines from human skin fibroblasts. The approach leverages shallow sequencing coverage to assess the clonality of the lines, clusters redundant lines and sums their coverage to accurately discover mutations in the corresponding lineages. Only a fraction of lines needs to be sequenced to high coverage. We demonstrate the effectiveness of this approach for reconstructing lineage trees during development and in hematologic malignancies. We discuss and propose an optimal experimental design for reconstructing lineage trees. Efficient reconstruction of cell lineage trees for cell ancestry and cancer.
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影响因子：
5.8
作者：
Gu, Zuguang;Eils, Roland;Schlesner, Matthias
通讯作者：
Schlesner, Matthias
DOI：
10.1126/science.aan4673
发表时间：
2019-11-01
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Jaiswal S;Ebert BL
通讯作者：
Ebert BL
DOI：
10.1126/science.abe0981
发表时间：
2021-03-19
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Fasching L;Jang Y;Tomasi S;Schreiner J;Tomasini L;Brady MV;Bae T;Sarangi V;Vasmatzis N;Wang Y;Szekely A;Fernandez TV;Leckman JF;Abyzov A;Vaccarino FM
通讯作者：
Vaccarino FM
影响因子：
64.8
作者：
Coorens, Tim H. H.;Moore, Luiza;Stratton, Michael R.
通讯作者：
Stratton, Michael R.
影响因子：
64.8
作者：
Spencer Chapman, Michael;Ranzoni, Anna Maria;Cvejic, Ana
通讯作者：
Cvejic, Ana