TRACTOR_DB: a database of regulatory networks in gamma-proteobacterial genomes.
TRACTOR_DB: a database of regulatory networks in gamma-proteobacterial genomes.
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DOI：
10.1093/nar/gki054
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发表时间：
2005-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Collado-Vides J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
González AD;Espinosa V;Vasconcelos AT;Pérez-Rueda E;Collado-Vides J
在过去的几年里，大肠杆菌转录调控系统的实验数据被用来预测其基因组中新的调控元件（启动子、转录因子（tf）、tf的结合位点和操作子）。随着越来越多的γ -变形菌基因组被测序，越来越多的生物体中这些元素的预测变得更加可行，这是研究不同细菌如何在转录调节水平上对环境变化做出反应的一步。在这项工作中，我们提出了TRACTOR_DB（转录因子在原核生物基因组中的预测结合位点），这是一个关系数据库，包含17个γ -蛋白质细菌基因组中74个调控子的新成员的计算预测。对于这些预测，我们使用了比较基因组学方法，其中一些大型规则的原理证明文章已经发表。目前可以通过http://www.bioinfo.cu/Tractor_DB、http://www.tractor.lncc.br/或http://www.cifn.unam.mx/Computational_Genomics/tractorDB访问TRACTOR_DB。联系邮箱：tractor@cifn.unam.mx。
Experimental data on the Escherichia coli transcriptional regulatory system has been used in the past years to predict new regulatory elements (promoters, transcription factors (TFs), TFs' binding sites and operons) within its genome. As more genomes of gamma-proteobacteria are being sequenced, the prediction of these elements in a growing number of organisms has become more feasible, as a step towards the study of how different bacteria respond to environmental changes at the level of transcriptional regulation. In this work, we present TRACTOR_DB (TRAnscription FaCTORs' predicted binding sites in prokaryotic genomes), a relational database that contains computational predictions of new members of 74 regulons in 17 gamma-proteobacterial genomes. For these predictions we used a comparative genomics approach regarding which several proof-of-principle articles for large regulons have been published. TRACTOR_DB may be currently accessed at http://www.bioinfo.cu/Tractor_DB, http://www.tractor.lncc.br/ or at http://www.cifn.unam.mx/Computational_Genomics/tractorDB. Contact Email id is tractor@cifn.unam.mx.
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影响因子：
14.9
作者：
Mirny, LA;Gelfand, MS
通讯作者：
Gelfand, MS
DOI：
10.1073/pnas.112341999
发表时间：
2002-09-03
影响因子：
11.1
作者：
Li, H;Rhodius, V;Siggia, ED
通讯作者：
Siggia, ED
影响因子：
3.9
作者：
Pérez-Rueda, E;Collado-Vides, J
通讯作者：
Collado-Vides, J
影响因子：
5.8
作者：
Segal, E.;Yelensky, R.;Koller, D.
通讯作者：
Koller, D.
影响因子：
56.9
作者：
LAWRENCE, CE;ALTSCHUL, SF;WOOTTON, JC
通讯作者：
WOOTTON, JC