Report and Application of a Tool Compound Data Set.
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DOI：
10.1021/acs.jcim.7b00343
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发表时间：
2017-11-27
影响因子：
5.6
通讯作者：
Jin J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Butler KV;MacDonald IA;Hathaway NA;Jin J
小分子工具化合物使生命科学研究取得了重大进展。这些化学物质具有强效、细胞活性和选择性，因此适用于探究生物过程。为了使这些化学物质有用，必须对它们进行正确的表征，并且研究人员必须了解它们。我们挖掘了ChEMBL生物活性数据库，以无偏的方式识别高质量的工具化合物。我们为278个蛋白质靶点确定了407种同类最佳的化合物，并在一个带注释的数据集中进行了报道。此外，我们开发了信息学功能和一个网络应用程序，用于数据可视化和自动生成药理学假设。这些功能被用于预测目前缺乏合适抑制剂的染色质盒蛋白同源物5（CBX5）介导的基因抑制途径的抑制剂。这些预测随后通过一种高度特异性的基于细胞的检测方法得到了验证，揭示了CBX5介导的异染色质形成的新化学调节剂。这个数据集和相关功能将帮助研究人员充分利用这些有价值的化合物。
Small molecule tool compounds have enabled profound advances in life science research. These chemicals are potent, cell active, and selective, and, thus, are suitable for interrogating biological processes. For these chemicals to be useful they must be correctly characterized and researchers must be aware of them. We mined the ChEMBL bioactivity database to identify high quality tool compounds in an unbiased way. We identified 407 best-in-class compounds for 278 protein targets, and these are reported in an annotated data set. Additionally, we developed informatics functions and a web application for data visualization and automated pharmacological hypothesis generation. These functions were used to predict inhibitors of the Chromobox Protein Homologue 5 (CBX5) mediated gene repression pathway that currently lacks appropriate inhibitors. The predictions were subsequently validated by a highly specific cell based assay, revealing new chemical modulators of CBX5-mediated heterochromatin formation. This data set and associated functions will help researchers make the best use of these valuable compounds.
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选择性抑制BET溴结构域。
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.8
作者：
Arrowsmith CH;Audia JE;Austin C;Baell J;Bennett J;Blagg J;Bountra C;Brennan PE;Brown PJ;Bunnage ME;Buser-Doepner C;Campbell RM;Carter AJ;Cohen P;Copeland RA;Cravatt B;Dahlin JL;Dhanak D;Edwards AM;Frederiksen M;Frye SV;Gray N;Grimshaw CE;Hepworth D;Howe T;Huber KV;Jin J;Knapp S;Kotz JD;Kruger RG;Lowe D;Mader MM;Marsden B;Mueller-Fahrnow A;Müller S;O'Hagan RC;Overington JP;Owen DR;Rosenberg SH;Roth B;Ross R;Schapira M;Schreiber SL;Shoichet B;Sundström M;Superti-Furga G;Taunton J;Toledo-Sherman L;Walpole C;Walters MA;Willson TM;Workman P;Young RN;Zuercher WJ
通讯作者：
Zuercher WJ
影响因子：
11.2
作者：
Anderson VE;Walton MI;Eve PD;Boxall KJ;Antoni L;Caldwell JJ;Aherne W;Pearl LH;Oliver AW;Collins I;Garrett MD
通讯作者：
Garrett MD
影响因子：
8.6
作者：
Fu G;Batchelor C;Dumontier M;Hastings J;Willighagen E;Bolton E
通讯作者：
Bolton E
影响因子：
4.8
作者：
Nightingale, Karl P.;Gendreizig, Susanne;Turner, Bryan M.
通讯作者：
Turner, Bryan M.