Improving power for rare-variant tests by integrating external controls.
Improving power for rare-variant tests by integrating external controls.
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DOI：
10.1002/gepi.22057
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发表时间：
2017-11
影响因子：
2.1
通讯作者：
Fuchsberger C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lee S;Kim S;Fuchsberger C
由于测序成本的下降，测序的基因组数量正在迅速增加。为了提高罕见变异检测的功效，除了研究本身的对照样本外，这些测序样本还可用作外部对照样本。然而，当使用外部质控品时，由于使用不同的测序平台或基因型调用管道而可能产生的批次效应会显著增加I型错误率。为了解决这个问题，我们提出了新的汇总统计的单一和基因或区域为基础的罕见变异的测试，允许整合外部控制，同时控制I型错误。我们的方法是基于这样的认识，即可以通过比较仅使用内部对照与使用内部和外部对照的组合对照样品的比值比估计值来评估对给定变体的批次效应。从模拟实验和年龄相关性黄斑变性和2型糖尿病研究的数据分析，我们证明，我们的方法可以大大提高功率，同时控制I型错误率。
Due to the drop in sequencing cost, the number of sequenced genomes is increasing rapidly. To improve power of rare variant tests, these sequenced samples could be used as external control samples in addition to control samples from the study itself. However, when using external controls, possible batch effects due to the use of different sequencing platforms or genotype calling pipelines can dramatically increase type I error rates. To address this, we propose novel summary statistics based single and gene- or region-based rare-variant tests that allow the integration of external controls while controlling for type I error. Our approach is based on the insight that batch effects on a given variant can be assessed by comparing odds ratio estimates using internal controls only vs. using combined control samples of internal and external controls. From simulation experiments and the analysis of data from age related macular degeneration and type 2 diabetes studies, we demonstrate that our method can substantially improve power while controlling for type I error rate.
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作者：
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