Universal endogenous gene controls for bisulphite conversion in analysis of plant DNA methylation.
Universal endogenous gene controls for bisulphite conversion in analysis of plant DNA methylation.
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DOI：
10.1186/1746-4811-7-39
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发表时间：
2011-12-02
期刊：
影响因子：
5.1
通讯作者：
Meng J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang J;Wang C;Long Y;Hopkins C;Kurup S;Liu K;King GJ;Meng J
通过亚硫酸氢盐测序准确分析DNA甲基化取决于所有胞嘧啶完全转化为尿嘧啶。到目前为止，还没有标准的或通用的基因被鉴定为内源对照来监测植物中的转化频率。在这里，我们报告了一个核基因IND（INDEHISCENT）和两个线粒体基因，NAD（烟酰胺腺嘌呤二核苷酸）和ATP 1（ATP酶亚单位1）的PCR检测的发展。我们证明了它们在芸苔属和其他植物类群中作为亚硫酸氢盐转化控制的功效。发现由四对引物扩增的靶区域始终不存在DNA甲基化。引物对的IND. a和NAD是有效的芸苔属物种，而两个引物对ATP 1提供了可靠的控制在一个代表性的双子叶和单子叶被子植物物种。因此，这些引物组可以作为植物甲基化分析的对照，用于广泛的研究。
Accurate analysis of DNA methylation by bisulphite sequencing depends on the complete conversion of all cytosines into uracil. Until now there has been no standard or universal gene identified as an endogenous control to monitor the conversion frequency in plants. Here, we report the development of PCR based assays for one nuclear gene IND (INDEHISCENT) and two mitochondrial genes, NAD (NICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE) and ATP1 (ATPase SUBUNIT 1). We demonstrated their efficacy as bisulphite conversion controls in Brassica and other plant taxa. The target regions amplified by four primer pairs were found to be consistently free from DNA methylation. Primer pairs for IND.a and NAD were effective within Brassica species, whereas two primer pairs for ATP1 provided reliable controls across a representative range of dicot and monocot angiosperm species. These primer sets may therefore be adopted as controls in plant methylation analysis for a wide range of studies.
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