A positive/negative ion-switching, targeted mass spectrometry-based metabolomics platform for bodily fluids, cells, and fresh and fixed tissue.
A positive/negative ion-switching, targeted mass spectrometry-based metabolomics platform for bodily fluids, cells, and fresh and fixed tissue.
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DOI：
10.1038/nprot.2012.024
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发表时间：
2012-04-12
期刊：
影响因子：
14.8
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
近年来，人们对癌细胞代谢的兴趣重新抬头，这促使人们需要定量分析平台来研究体内来源的代谢物。我们使用5500 QTRAP混合式三重四极杆质谱仪实现了一个使用选择性反应监测的定量极性代谢组谱平台，该质谱仪覆盖了所有主要的代谢途径。该平台使用具有正/负离子切换的亲水相互作用液相色谱来分析258种代谢物(289个Q1/Q3转变)，从一次15分钟的液-质联用采集中分析258种代谢物，停留时间为3 ms，占空比为1.55-S。以前的平台使用不止一个实验来描述来自不同电离模式的代谢物的数量。该平台与来自任何生物来源的极性代谢物兼容，包括新鲜组织、癌细胞、体液和福尔马林固定的石蜡包埋肿瘤组织。可以在不使用内标的情况下实现相对定量，基于总离子电流的积分峰面积可以用于跨生物样品条件的统计分析和路径分析。对于包含15个总样本的数据集，从代谢物提取到峰积分的过程需要~12h(单个样本~6h)。
The revival of interest in cancer cell metabolism in recent years has prompted the need for quantitative analytical platforms for studying metabolites from in vivo sources. We implemented a quantitative polar metabolomics profiling platform using selected reaction monitoring with a 5500 QTRAP hybrid triple quadrupole mass spectrometer that covers all major metabolic pathways. The platform uses hydrophilic interaction liquid chromatography with positive/negative ion switching to analyze 258 metabolites (289 Q1/Q3 transitions) from a single 15-min liquid chromatography–mass spectrometry acquisition with a 3-ms dwell time and a 1.55-s duty cycle time. Previous platforms use more than one experiment to profile this number of metabolites from different ionization modes. The platform is compatible with polar metabolites from any biological source, including fresh tissues, cancer cells, bodily fluids and formalin-fixed paraffin-embedded tumor tissue. Relative quantification can be achieved without using internal standards, and integrated peak areas based on total ion current can be used for statistical analyses and pathway analyses across biological sample conditions. The procedure takes ~12 h from metabolite extraction to peak integration for a data set containing 15 total samples (~6 h for a single sample).
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影响因子：
16
作者：
Gao D;Inuzuka H;Tan MK;Fukushima H;Locasale JW;Liu P;Wan L;Zhai B;Chin YR;Shaik S;Lyssiotis CA;Gygi SP;Toker A;Cantley LC;Asara JM;Harper JW;Wei W
通讯作者：
Wei W
DOI：
10.1126/science.1211485
发表时间：
2011-12-02
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Anastasiou D;Poulogiannis G;Asara JM;Boxer MB;Jiang JK;Shen M;Bellinger G;Sasaki AT;Locasale JW;Auld DS;Thomas CJ;Vander Heiden MG;Cantley LC
通讯作者：
Cantley LC
影响因子：
4.3
作者：
Martineau, Estelle;Tea, Illa;Akoka, Serge
通讯作者：
Akoka, Serge
DOI：
10.1016/j.jchromb.2008.04.031
发表时间：
2008-08-15
影响因子：
3
作者：
Lu, Wenyun;Bennett, Bryson D.;Rabinowitz, Joshua D.
通讯作者：
Rabinowitz, Joshua D.
影响因子：
2.8
作者：
Guo, Tiedong;Gu, Jianghong;Soldin, Steven J.
通讯作者：
Soldin, Steven J.