Saccharomyces genome database provides new regulation data.
Saccharomyces genome database provides new regulation data.
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DOI：
10.1093/nar/gkt1158
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发表时间：
2014-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Cherry JM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Costanzo MC;Engel SR;Wong ED;Lloyd P;Karra K;Chan ET;Weng S;Paskov KM;Roe GR;Binkley G;Hitz BC;Cherry JM
Saccharomyces Genome Database （SGD; http://www.yeastgenome.org）是关于出芽酵母Saccharomyces cerevisiae的基因组、基因和蛋白质信息的社区资源，包含关于每个酵母基因和基因产物的各种功能信息。我们最近向SGD添加了监管信息，并将其呈现在名为“监管”的位点摘要的新标签部分。我们正在编译转录调控因子-靶基因的关系，这些关系是从SGD的文献中整理出来的，或者在获得许可的情况下从YEASTRACT数据库中导入。对于几乎每一个酿酒酵母基因，调控页面都显示了一个注释表，显示了该基因的调控因子，以及其调控网络的图形可视化。对于其产物充当转录因子的基因，调控页面还显示了其靶基因的表格，并附有对这些基因参与的生物过程的基因本体富集分析。此外，我们还在自由文本的Regulation Summary中综合了每个转录因子的文献信息，并提供了与其调控功能相关的其他信息，如DNA结合位点基序和蛋白质结构域。所有的监管数据都可以通过YeastMine进行查询、分析和下载，这是SGD使用的基于intermine的数据仓库系统。
The Saccharomyces Genome Database (SGD; http://www.yeastgenome.org) is the community resource for genomic, gene and protein information about the budding yeast Saccharomyces cerevisiae, containing a variety of functional information about each yeast gene and gene product. We have recently added regulatory information to SGD and present it on a new tabbed section of the Locus Summary entitled ‘Regulation’. We are compiling transcriptional regulator–target gene relationships, which are curated from the literature at SGD or imported, with permission, from the YEASTRACT database. For nearly every S. cerevisiae gene, the Regulation page displays a table of annotations showing the regulators of that gene, and a graphical visualization of its regulatory network. For genes whose products act as transcription factors, the Regulation page also shows a table of their target genes, accompanied by a Gene Ontology enrichment analysis of the biological processes in which those genes participate. We additionally synthesize information from the literature for each transcription factor in a free-text Regulation Summary, and provide other information relevant to its regulatory function, such as DNA binding site motifs and protein domains. All of the regulation data are available for querying, analysis and download via YeastMine, the InterMine-based data warehouse system in use at SGD.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
影响因子：
5.8
作者：
Hibbs, Matthew A.;Hess, David C.;Troyanskaya, Olga G.
通讯作者：
Troyanskaya, Olga G.
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
SCERTF：糖疗法物种的基准位置重量矩阵的综合数据库。
影响因子：
14.9
作者：
Spivak AT;Stormo GD
通讯作者：
Stormo GD
影响因子：
2.6
作者：
Fisk, Dianna G.;Ball, Catherine A.;Cherry, J. Michael
通讯作者：
Cherry, J. Michael