A perspective on the PDB's impact on the field of glycobiology.
A perspective on the PDB's impact on the field of glycobiology.
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DOI：
10.1016/j.jbc.2021.100556
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发表时间：
2021-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Prestegard JH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Prestegard JH
存放在蛋白质数据库（PDB）中的结构有助于我们理解许多生物学过程，包括那些属于糖生物学一般类别的过程。然而，基于结构的研究聚糖如何影响蛋白质结构，它们如何合成，以及它们如何调节其他生物过程仍然具有挑战性。尽管蛋白质上存在丰富的聚糖，并且我们的大多数细胞周围存在密集的聚糖层，但含有聚糖的结构在PDB中的代表性不足。对此有合理的原因，包括难以生产具有明确糖基化的蛋白质以及移动的和异质聚糖抑制结晶的趋势。尽管如此，我们在PDB中发现的结构，甚至是一些最早的沉积结构，对我们理解功能产生了影响。我在这篇评论中强调了几个例子，并指出了未来的一些承诺。前景包括来自方法学的新结构，如cryo-EM，受聚糖存在的影响较小，以及基于现有结构的实验辅助计算方法，以深入了解聚糖影响生物功能的许多方式。
Structures deposited in the Protein Data Bank (PDB) facilitate our understanding of many biological processes including those that fall under the general category of glycobiology. However, structure-based studies of how glycans affect protein structure, how they are synthesized, and how they regulate other biological processes remain challenging. Despite the abundant presence of glycans on proteins and the dense layers of glycans that surround most of our cells, structures containing glycans are underrepresented in the PDB. There are sound reasons for this, including difficulties in producing proteins with well-defined glycosylation and the tendency of mobile and heterogeneous glycans to inhibit crystallization. Nevertheless, the structures we do find in the PDB, even some of the earliest deposited structures, have had an impact on our understanding of function. I highlight a few examples in this review and point to some promises for the future. Promises include new structures from methodologies, such as cryo-EM, that are less affected by the presence of glycans and experiment-aided computational methods that build on existing structures to provide insight into the many ways glycans affect biological function.
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影响因子：
64.5
作者：
Clausen, Thomas Mandel;Sandoval, Daniel R.;Esko, Jeffrey D.
通讯作者：
Esko, Jeffrey D.
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作者：
Gao Q;Yang JY;Moremen KW;Flanagan JG;Prestegard JH
通讯作者：
Prestegard JH
超越屏蔽：聚糖在SARS-COV-2尖峰蛋白中的作用。
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18.2
作者：
Casalino L;Gaieb Z;Goldsmith JA;Hjorth CK;Dommer AC;Harbison AM;Fogarty CA;Barros EP;Taylor BC;McLellan JS;Fadda E;Amaro RE
通讯作者：
Amaro RE
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5.6
作者：
Chalmers, Gordon R.;Eletsky, Alexander;Prestegard, James H.
通讯作者：
Prestegard, James H.
DOI：
10.1126/science.aar7899
发表时间：
2018-04-13
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Braunger K;Pfeffer S;Shrimal S;Gilmore R;Berninghausen O;Mandon EC;Becker T;Förster F;Beckmann R
通讯作者：
Beckmann R