The spatial and metabolic basis of colony size variation.
The spatial and metabolic basis of colony size variation.
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DOI：
10.1038/s41396-017-0038-0
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发表时间：
2018-03
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Harcombe WR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Chacón JM;Möbius W;Harcombe WR
空间结构影响微生物的生长和相互作用，具有生态和进化后果。因此，重要的是要定量地了解空间邻近性如何影响不同环境中的相互作用。我们测试了当大肠杆菌或沙门氏菌在各种碳源上生长时，邻近性如何影响菌落大小。菌落位置的重要性随物种和碳源的不同而变化。空间上明确的，基因组规模的代谢建模概括了观察到的菌落大小的变化。根据Voronoi图，决定领土大小的竞争对手是殖民地大小变化的最重要驱动因素。然而，随着时间的推移，不同竞争对手的相对重要性发生了变化。此外，当殖民地迅速占用资源时，相对于有限资源的扩散，位置的影响会增加。这些分析表明，位置的重要性比用S进行实验时预期的要小。肠道菌在葡萄糖上生长。有毒副产物的积累似乎限制了大菌落的生长，并减少了菌落大小的变化。我们的工作提供了一个实验和理论基础的理解如何位置相互作用与代谢和扩散，影响微生物的相互作用。
Spatial structure impacts microbial growth and interactions, with ecological and evolutionary consequences. It is therefore important to quantitatively understand how spatial proximity affects interactions in different environments. We tested how proximity influences colony size when either Escherichia coli or Salmonella enterica are grown on various carbon sources. The importance of colony location changed with species and carbon source. Spatially explicit, genome-scale metabolic modeling recapitulated observed colony size variation. Competitors that determine territory size, according to Voronoi diagrams, were the most important drivers of variation in colony size. However, the relative importance of different competitors changed through time. Further, the effect of location increased when colonies took up resources quickly relative to the diffusion of limiting resources. These analyses made it apparent that the importance of location was smaller than expected for experiments with S. enterica growing on glucose. The accumulation of toxic byproducts appeared to limit the growth of large colonies and reduced variation in colony size. Our work provides an experimentally and theoretically grounded understanding of how location interacts with metabolism and diffusion to influence microbial interactions.
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DOI：
10.1038/nrmicro1949
发表时间：
2009-02
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
开发针对甲甲基甲虫的优化培养基，菌株和高通量培养方法。
影响因子：
3.7
作者：
Delaney NF;Kaczmarek ME;Ward LM;Swanson PK;Lee MC;Marx CJ
通讯作者：
Marx CJ
影响因子：
4.3
作者：
Germerodt S;Bohl K;Lück A;Pande S;Schröter A;Kaleta C;Schuster S;Kost C
通讯作者：
Kost C
影响因子：
8.8
作者：
Allison, SD
通讯作者：
Allison, SD
DOI：
10.1073/pnas.78.10.6324
发表时间：
1981-01-01
期刊：
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA-BIOLOGICAL SCIENCES
影响因子：
--
作者：
CHAO, L;LEVIN, BR
通讯作者：
LEVIN, BR