Considerations before the application of 5-hydroxymethylation levels of long non-coding RNAs for non-invasive cancer diagnosis.
Considerations before the application of 5-hydroxymethylation levels of long non-coding RNAs for non-invasive cancer diagnosis.
复制标题
DOI：
10.20517/evcna.2021.22
复制
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhang W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang Z;Zeng C;Zhang W
先前的研究表明，异常的5-羟甲基胞嘧啶（5 hmC）修饰与癌症病理生物学有关。已证明使用高度灵敏的基于化学标记的5 hmC-Seal技术对循环无细胞DNA（cfDNA）中的5 hmC进行全基因组分析具有成为癌症生物标志物发现的稳健表观基因组工具的潜力。先前的研究主要集中在cfDNA衍生的5 hmC-Seal数据，这些数据总结在注释良好的基因特征中（例如，基因体）或无偏仓。Zhou等人最近提出长非编码RNA（lncRNA）作为使用公开可用的5 hmC-Seal数据的生物标志物发现的替代分子靶标。考虑到其潜在的临床影响，我们希望对Zhou等人进行评论，并主张更认真地考虑关键问题，如临床信息和技术变量的可用性，特别是在使用公开数据进行二次分析时，以提高数据透明度和可翻译性。
Previous studies have suggested that aberrant 5-hydroxymethylcytosines (5hmC) modifications are related to cancer pathobiology. Genome-wide profiling 5hmC in circulating cell-free DNA (cfDNA) using the highly sensitive chemical labeling-based 5hmC-Seal technique has been demonstrated to have the potential to be a robust epigenomic tool for cancer biomarker discovery. Prior studies have mostly focused on cfDNA-derived 5hmC-Seal data summarized in well-annotated genic features (e.g., gene bodies) or unbiased bins. Zhou et al. recently proposed long non-coding RNAs (lncRNAs) as an alternative molecular target for biomarker discovery using publicly available 5hmC-Seal data. Considering its potential clinical impact, we would like to comment on Zhou et al. and advocate more serious consideration of critical issues such as the availability of clinical information and technical variables, especially when performing secondary analysis using publicly available data, with the aim of improving data transparency and translatability.
登录
查看更多内容
5-羟甲基胞嘧啶的表观基因组景观揭示了结直肠癌中 lncRNA 的转录调控
影响因子：
8.8
作者：
Hu H;Shu M;He L;Yu X;Liu X;Lu Y;Chen Y;Miao X;Chen X
通讯作者：
Chen X
影响因子：
7.5
作者：
Chiu, Brian C-H;Zhang, Zhou;Zhang, Wei
通讯作者：
Zhang, Wei
影响因子：
44.1
作者：
Li W;Zhang X;Lu X;You L;Song Y;Luo Z;Zhang J;Nie J;Zheng W;Xu D;Wang Y;Dong Y;Yu S;Hong J;Shi J;Hao H;Luo F;Hua L;Wang P;Qian X;Yuan F;Wei L;Cui M;Zhang T;Liao Q;Dai M;Liu Z;Chen G;Meckel K;Adhikari S;Jia G;Bissonnette MB;Zhang X;Zhao Y;Zhang W;He C;Liu J
通讯作者：
Liu J
影响因子：
1.9
作者：
DELONG, ER;DELONG, DM;CLARKEPEARSON, DI
通讯作者：
CLARKEPEARSON, DI
长期非编码RNA：神经胶质瘤发病机理的主要参与者。
影响因子：
5.2
作者：
Kiang KM;Zhang XQ;Leung GK
通讯作者：
Leung GK