Biomolecular QM/MM Simulations: What Are Some of the "Burning Issues"?
Biomolecular QM/MM Simulations: What Are Some of the "Burning Issues"?
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DOI：
10.1021/acs.jpcb.0c09898
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发表时间：
2021-01-28
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Xie L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cui Q;Pal T;Xie L
QM/MM模拟已成为许多化学和生物化学研究中不可或缺的工具。考虑到巨大的成功程度，包括2013年诺贝尔化学奖的认可，QM/MM方法是否仍然存在“紧迫的挑战”，特别是对于生物分子系统？在这个简短的角度来看，我们讨论了几个问题，我们认为极大地影响了QM/MM模拟的鲁棒性和定量适用性，许多，如果不是全部，生物分子。我们强调这些问题的意见和相关的进展，从最近的研究在我们的小组和其他人在该领域。尽管范围如此有限，但我们希望讨论能引起普遍关注，并将促进更多的事态发展，帮助推动该领域朝着有意义的方向前进。
QM/MM simulations have become an indispensable tool in many chemical and biochemical investigations. Considering the tremendous degree of success, including the recognition by a 2013 Nobel Prize in Chemistry, are there still “burning challenges” in QM/MM methods, especially for biomolecular systems? In this short Perspective, we discuss several issues that we believe greatly impact the robustness and quantitative applicability of QM/MM simulations to many, if not all, biomolecules. We highlight these issues with observations and relevant advances from recent studies in our group and others in the field. Despite such limited scope, we hope the discussions are of general interest and will stimulate additional developments that help push the field forward in meaningful directions.
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影响因子：
15
作者：
Alexandrova, Anastassia N.;Roethlisberger, Daniela;Baker, David;Jorgensen, William L.
通讯作者：
Jorgensen, William L.
影响因子：
1.7
作者：
Boresch, Stefan;Woodcock, H. Lee
通讯作者：
Woodcock, H. Lee
影响因子：
4.3
作者：
Daily MD;Phillips GN Jr;Cui Q
通讯作者：
Cui Q
影响因子：
2.9
作者：
Åqvist J;Sočan J;Purg M
通讯作者：
Purg M
DOI：
10.1103/physreve.53.r3055
发表时间：
1996-04-01
期刊：
Physical review. E, Statistical physics, plasmas, fluids, and related interdisciplinary topics
影响因子：
--
作者：
Andricioaei I;Straub
通讯作者：
Straub