Genomic sequencing and analysis of Sucra jujuba nucleopolyhedrovirus.
Genomic sequencing and analysis of Sucra jujuba nucleopolyhedrovirus.
复制标题
枣核多角体病毒的基因组测序与分析。
DOI：
10.1371/journal.pone.0110023
复制
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Deng F
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu X;Yin F;Zhu Z;Hou D;Wang J;Zhang L;Wang M;Wang H;Hu Z;Deng F
采用454焦磷酸测序法测定了苏枣核多角体病毒（SujuNPV）的全核苷酸序列。SujuNPV基因组全长135,952 bp， A+T含量为61.34%。它包含131个假定的开放阅读框（orf），覆盖了87.9%的基因组。在这些orf中，37个在所有已完全测序的杆状病毒基因组中保守，24个在鳞翅目杆状病毒中保守，65个在其他杆状病毒中发现，5个为SujuNPV基因组所特有。在SujuNPV基因组中鉴定出7个同源区域（hrs）。SujuNPV含有多个重复或多次复制的基因：解旋酶、DNA结合蛋白基因（dbp）、p26和cg30 2个拷贝，凋亡抑制基因（iap） 3个拷贝，杆状病毒重复ORF (bro) 4个拷贝。系统发育分析表明，SujuNPV属于ⅱ群甲型杆状病毒的一个亚分支，与其他杆状病毒不同的是，该亚分支的所有9个成员都含有dbp的第二拷贝。
The complete nucleotide sequence of Sucra jujuba nucleopolyhedrovirus (SujuNPV) was determined by 454 pyrosequencing. The SujuNPV genome was 135,952 bp in length with an A+T content of 61.34%. It contained 131 putative open reading frames (ORFs) covering 87.9% of the genome. Among these ORFs, 37 were conserved in all baculovirus genomes that have been completely sequenced, 24 were conserved in lepidopteran baculoviruses, 65 were found in other baculoviruses, and 5 were unique to the SujuNPV genome. Seven homologous regions (hrs) were identified in the SujuNPV genome. SujuNPV contained several genes that were duplicated or copied multiple times: two copies of helicase, DNA binding protein gene (dbp), p26 and cg30, three copies of the inhibitor of the apoptosis gene (iap), and four copies of the baculovirus repeated ORF (bro). Phylogenetic analysis suggested that SujuNPV belongs to a subclade of group II alphabaculovirus, which differs from other baculoviruses in that all nine members of this subclade contain a second copy of dbp.
登录
查看更多内容
影响因子：
5.4
作者：
Evans, JT;Leisy, DJ;Rohrmann, GF
通讯作者：
Rohrmann, GF
影响因子：
3.7
作者：
Kuzio, J;Pearson, MN;Rohrmann, GF
通讯作者：
Rohrmann, GF
影响因子：
5.4
作者：
Guarino, LA;Dong, W;Jin, JP
通讯作者：
Jin, JP
影响因子：
3.8
作者：
Bideshi, DK;Renault, S;Bigot, Y
通讯作者：
Bigot, Y
维也纳 RNA 网络套件。
影响因子：
14.9
作者：
Gruber, Andreas R.;Lorenz, Ronny;Bernhart, Stephan H.;Neuboeck, Richard;Hofacker, Ivo L.
通讯作者：
Hofacker, Ivo L.