Capturing the interactome of newly transcribed RNA.
Capturing the interactome of newly transcribed RNA.
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捕获新转录 RNA 的相互作用组
DOI：
10.1038/nmeth.4595
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发表时间：
2018-03
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Esteban MA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bao X;Guo X;Yin M;Tariq M;Lai Y;Kanwal S;Zhou J;Li N;Lv Y;Pulido-Quetglas C;Wang X;Ji L;Khan MJ;Zhu X;Luo Z;Shao C;Lim DH;Liu X;Li N;Wang W;He M;Liu YL;Ward C;Wang T;Zhang G;Wang D;Yang J;Chen Y;Zhang C;Jauch R;Yang YG;Wang Y;Qin B;Anko ML;Hutchins AP;Sun H;Wang H;Fu XD;Zhang B;Esteban MA
我们结合联合收割机的标记新转录的RNA与5-乙炔尿苷结合蛋白质的特性。这种方法被称为使用点击化学捕获新转录的RNA相互作用体（RICK），系统地捕获与广泛的RNA结合的蛋白质，包括新生RNA和传统上被忽视的非多聚腺苷酸化RNA。RICK在其他新的RNA结合蛋白中鉴定了有丝分裂调节因子，这些蛋白对非多聚腺苷酸化RNA具有优先亲和力，揭示了代谢酶/因子与新生RNA之间的联系，并扩展了已知的小鼠胚胎干细胞RNA结合蛋白质组。RICK将促进对不同细胞和系统中总RNA结合蛋白质组的深入研究。
We combine the labeling of newly transcribed RNAs with 5-ethynyluridine with the characterization of bound proteins. This approach, named capture of the newly transcribed RNA interactome using click chemistry (RICK), systematically captures proteins bound to a wide range of RNAs, including nascent RNAs and traditionally neglected nonpolyadenylated RNAs. RICK has identified mitotic regulators amongst other novel RNA-binding proteins with preferential affinity for nonpolyadenylated RNAs, revealed a link between metabolic enzymes/factors and nascent RNAs, and expanded the known RNA-bound proteome of mouse embryonic stem cells. RICK will facilitate an in-depth interrogation of the total RNA-bound proteome in different cells and systems.
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影响因子：
8.8
作者：
Liao Y;Castello A;Fischer B;Leicht S;Föehr S;Frese CK;Ragan C;Kurscheid S;Pagler E;Yang H;Krijgsveld J;Hentze MW;Preiss T
通讯作者：
Preiss T
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作者：
Cheng, J;Kapranov, P;Gingeras, TR
通讯作者：
Gingeras, TR
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作者：
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通讯作者：
Salzberg, Steven L.
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作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
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作者：
Lai F;Gardini A;Zhang A;Shiekhattar R
通讯作者：
Shiekhattar R