An integrated mass-spectrometry pipeline identifies novel protein coding-regions in the human genome.
An integrated mass-spectrometry pipeline identifies novel protein coding-regions in the human genome.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0008949
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发表时间：
2010-01-28
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Miller CJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bitton DA;Smith DL;Connolly Y;Scutt PJ;Miller CJ
大多数蛋白质质谱（MS）实验依赖于对已知或预测蛋白质数据库的搜索，限制了它们作为基因发现工具的能力。使用针对整个人类基因组的计算机翻译的搜索，结合一系列注释过滤器，我们在来源于两种人类乳腺上皮细胞系的MS数据集中鉴定了346种推定的新型肽[错误发现率（FDR）<5%]。然后通过不同的MS技术成功验证了其中的一个子集。其中两个对应于异源核糖核蛋白的新亚型，而其余的对应于新的基因座。MS技术可用于人类数据中的从头基因发现，由于它基于不同的基本假设，因此可以识别其他技术未发现的蛋白质编码基因。随着MS技术的不断发展，这些方法将变得越来越强大。
Most protein mass spectrometry (MS) experiments rely on searches against a database of known or predicted proteins, limiting their ability as a gene discovery tool. Using a search against an in silico translation of the entire human genome, combined with a series of annotation filters, we identified 346 putative novel peptides [False Discovery Rate (FDR)<5%] in a MS dataset derived from two human breast epithelial cell lines. A subset of these were then successfully validated by a different MS technique. Two of these correspond to novel isoforms of Heterogeneous Ribonuclear Proteins, while the rest correspond to novel loci. MS technology can be used for ab initio gene discovery in human data, which, since it is based on different underlying assumptions, identifies protein-coding genes not found by other techniques. As MS technology continues to evolve, such approaches will become increasingly powerful.
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影响因子：
56.9
作者：
Cheng, J;Kapranov, P;Gingeras, TR
通讯作者：
Gingeras, TR
影响因子：
4.3
作者：
Dinger ME;Pang KC;Mercer TR;Mattick JS
通讯作者：
Mattick JS
影响因子：
12.3
作者：
Gentleman RC;Carey VJ;Bates DM;Bolstad B;Dettling M;Dudoit S;Ellis B;Gautier L;Ge Y;Gentry J;Hornik K;Hothorn T;Huber W;Iacus S;Irizarry R;Leisch F;Li C;Maechler M;Rossini AJ;Sawitzki G;Smith C;Smyth G;Tierney L;Yang JY;Zhang J
通讯作者：
Zhang J
DOI：
10.1073/pnas.0337561100
发表时间：
2003-02-04
影响因子：
11.1
作者：
Guigó, R;Dermitzakis, ET;Brent, MR
通讯作者：
Brent, MR
影响因子：
14.9
作者：
Hubbard, T;Barker, D;Clamp, M
通讯作者：
Clamp, M