A network-theoretic approach for decompositional translation across Open Biological Ontologies.
A network-theoretic approach for decompositional translation across Open Biological Ontologies.
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DOI：
10.1016/j.jbi.2010.01.007
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发表时间：
2010-08
影响因子：
4.5
通讯作者：
Cimino, James J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Patel, Chintan O.;Cimino, James J.
生物本体被广泛用于生物数据的标注、共享和检索。这些本体中的许多是在开放生物本体铸造厂的保护伞下托管的。为了支持术语间映射，这些本体中的复合术语需要被翻译成其他正交本体中的原子或原始术语，例如，从生物过程术语到葡萄糖（化学本体术语）。识别这样的分解本体翻译是一个具有挑战性的问题。在本文中，我们提出了一个网络理论的方法的基础上，集成OBO关系图的结构。我们使用一个网络理论的措施，称为聚类系数，找到相关的原子项在附近的一个复合项。通过消除现有的GO ChEBI本体映射OBO，我们评估所提出的方法是否可以重新识别对应的关系。结果表明，网络结构为分解本体翻译提供了强有力的线索，现有的关系可以用来识别新的翻译。
Biological ontologies are now being widely used for annotation, sharing and retrieval of the biological data. Many of these ontologies are hosted under the umbrella of the Open Biological Ontologies Foundry. In order to support interterminology mapping, composite terms in these ontologies need to be translated into atomic or primitive terms in other, orthogonal ontologies, for example, gluconeogenesis (biological process term) to glucose (chemical ontology term). Identifying such decompositional ontology translations is a challenging problem. In this paper, we propose a network-theoretic approach based on the structure of the integrated OBO relationship graph. We use a network-theoretic measure, called the clustering coefficient, to find relevant atomic terms in the neighborhood of a composite term. By eliminating the existing GO to ChEBI Ontology mappings from OBO, we evaluate whether the proposed approach can re-identify the corresponding relationships. The results indicate that the network structure provides strong cues for decompositional ontology translation and the existing relationships can be used to identify new translations.
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影响因子：
46.9
作者：
Smith, Barry;Ashburner, Michael;Lewis, Suzanna
通讯作者：
Lewis, Suzanna
影响因子：
56.9
作者：
Barabási, AL;Albert, R
通讯作者：
Albert, R
DOI：
10.1504/ijbra.2007.015007
发表时间：
2007-01-01
影响因子：
--
作者：
Dinakarpandian, Deendayal;Tong, Tuanjie;Lee, Yugyung
通讯作者：
Lee, Yugyung
影响因子：
5.8
作者：
Day-Richter, John;Harris, Midori A.;Haendel, Melissa
通讯作者：
Haendel, Melissa
DOI：
10.1142/9789812701626_0004
发表时间：
2006-01-01
影响因子：
--
作者：
Johnson, Helen L;Cohen, K Bretonnel;Hunter, Lawrence
通讯作者：
Hunter, Lawrence