Optimization and characterization of position-selective labelling of RNA (PLOR) for diverse RNA and DNA sequences
Optimization and characterization of position-selective labelling of RNA (PLOR) for diverse RNA and DNA sequences
复制标题
多种 RNA 和 DNA 序列的 RNA 位置选择性标记 (PLOR) 的优化和表征
DOI：
10.1080/15476286.2020.1749797
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发表时间：
2020-04
期刊：
影响因子：
4.1
通讯作者：
Yu Liu
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Xiaoyu Zhang;Mengyang Li;Yu Liu
摘要通过固相化学合成方法可以在商业上实现对短RNA的特定位点的修饰。然而，对于常规方法来说，标记长RNA仍然具有挑战性。RNA的位置选择性标记（PLOR）是一种杂交相转录方法，其允许以极大的灵活性和体面的效率在期望的位点标记RNA。原则上，PLOR是合成长修饰RNA的有前途的方法，所述长修饰RNA不能通过固相化学合成和其他方法产生。然而，PLOR作为一种新近发展起来的方法，仅被用于标记71nt和104nt的RNA，其有限的序列应用可能会阻碍其潜在的应用。为了将PLOR扩展到更多的RNA，我们测试了各种RNA序列的PLOR性能。考虑到PLOR起始阶段的转录暂停可能导致RNA序列与体外转录方法不同的偏好性，我们在这里着重研究了RNA的5 ′端和起始长度对PLOR的影响。此外，我们的工作表明，PLOR效率也随DNA模板的接头大小而变化。这一工作有助于PLOR在不久的将来成为更多用户合成长修饰RNA的选择。
ABSTRACT Modifications of short RNAs at specific sites can be achieved commercially by solid-phase chemical synthesis method. However, labelling long RNAs is still challenging for the routine methods. Position-selective Labelling of RNA (PLOR) is a hybrid phase transcription method that allows to label RNAs at desired sites with great flexibility and decent efficiency. In principle, PLOR is a promising method for synthesis of long modified RNAs that are unable to be generated by solid-phase chemical synthesis and other methods. However, as a recently developed method, PLOR has been only applied to label a 71nt and a 104nt RNA, and the limited sequence applications of PLOR may hinder its potential usages. To extend PLOR to more RNAs, we tested the PLOR performances for various RNA sequences. Considering that the controlled transcriptional pauses at the initiation stage in PLOR may lead to different preferences on RNA sequences from in vitro transcription method, we here focused on identifying the effects of the 5ʹ-end and initiated lengths of RNA on PLOR. In addition, our work demonstrated that PLOR efficiencies also varied with linker sizes of DNA templates. This work can facilitate PLOR to be the choice of synthesizing long modified RNAs for more users in the near future.
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DOI：
10.1142/9789811215865_0035
发表时间：
2020-08
期刊：
Structural Insights into Gene Expression and Protein Synthesis
影响因子：
--
作者：
G. Cheetham;T. Steitz
通讯作者：
G. Cheetham;T. Steitz
影响因子：
14.9
作者：
Zhu B;Hernandez A;Tan M;Wollenhaupt J;Tabor S;Richardson CC
通讯作者：
Richardson CC
DOI：
10.1016/j.ymeth.2017.05.011
发表时间：
2017-08-01
期刊：
Methods (San Diego, Calif.)
影响因子：
--
作者：
van der Feltz C;Hoskins AA
通讯作者：
Hoskins AA
DOI：
10.1073/pnas.0906979106
发表时间：
2009-12-29
影响因子：
11.1
作者：
Tang, Guo-Qing;Roy, Rahul;Patel, Smita S.
通讯作者：
Patel, Smita S.
影响因子：
--
作者：
L. Scott;M. Hennig
通讯作者：
L. Scott;M. Hennig