arfA antisense RNA regulates MscL excretory activity.
arfA antisense RNA regulates MscL excretory activity.
复制标题
ARFA反义RNA调节MSCL排泄活性。
DOI：
10.26508/lsa.202301954
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发表时间：
2023-06
影响因子：
4.4
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
细菌通过在各自的胁迫反应途径中涉及的基因之间使用反义RNA串扰来协调它们对翻译和渗透胁迫的反应。胞质蛋白(ECP)的排泄是细菌中常见的现象，这种胞外定位的胞内蛋白质组参与了多种应激反应机制。在低渗休克和核糖体停滞的反应中，ECP依赖于大电导机械敏感通道和替代核糖体拯救因子A基因产物的存在。然而，目前还不知道在相应的基因和各自的应激反应途径之间是否存在机械联系。在这里，我们报告了相应的MSCL和ARFA基因通常共定位在GammaProtebacteria的基因组上，并在它们各自的3‘UTR和3’CDS上显示重叠。我们发现这种不寻常的基因组排列允许反义RNA介导的MSCL和ARFA之间的调控，这调节了MSCL在大肠杆菌中的排泄活性。这些发现突出了渗透、翻译应激反应和大肠杆菌ECP之间的机制联系，进一步阐明了以前未知的Arfa sRNA的调节功能。
Bacteria coordinate how they respond to translation and osmotic stress by using antisense RNA crosstalk between the genes involved in the respective stress response pathways. Excretion of cytoplasmic protein (ECP) is a commonly observed phenomenon in bacteria, and this partial extracellular localisation of the intracellular proteome has been implicated in a variety of stress response mechanisms. In response to hypoosmotic shock and ribosome stalling in Escherichia coli, ECP is dependent upon the presence of the large-conductance mechanosensitive channel and the alternative ribosome–rescue factor A gene products. However, it is not known if a mechanistic link exists between the corresponding genes and the respective stress response pathways. Here, we report that the corresponding mscL and arfA genes are commonly co-located on the genomes of Gammaproteobacteria and display overlap in their respective 3′ UTR and 3′ CDS. We show this unusual genomic arrangement permits an antisense RNA–mediated regulatory control between mscL and arfA, and this modulates MscL excretory activity in E. coli. These findings highlight a mechanistic link between osmotic, translational stress responses and ECP in E. coli, further elucidating the previously unknown regulatory function of arfA sRNA.
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影响因子：
64.8
作者：
Harris CR;Millman KJ;van der Walt SJ;Gommers R;Virtanen P;Cournapeau D;Wieser E;Taylor J;Berg S;Smith NJ;Kern R;Picus M;Hoyer S;van Kerkwijk MH;Brett M;Haldane A;Del Río JF;Wiebe M;Peterson P;Gérard-Marchant P;Sheppard K;Reddy T;Weckesser W;Abbasi H;Gohlke C;Oliphant TE
通讯作者：
Oliphant TE
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btp163
发表时间：
2009-06-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Cock PJ;Antao T;Chang JT;Chapman BA;Cox CJ;Dalke A;Friedberg I;Hamelryck T;Kauff F;Wilczynski B;de Hoon MJ
通讯作者：
de Hoon MJ
影响因子：
10.5
作者：
Battesti A;Majdalani N;Gottesman S
通讯作者：
Gottesman S
DOI：
10.1073/pnas.120163297
发表时间：
2000-06-06
影响因子：
11.1
作者：
Datsenko, KA;Wanner, BL
通讯作者：
Wanner, BL
影响因子：
4.4
作者：
Gueguen, Erwan;Cascales, Eric
通讯作者：
Cascales, Eric