PHYLOViZ: phylogenetic inference and data visualization for sequence based typing methods.
PHYLOViZ: phylogenetic inference and data visualization for sequence based typing methods.
复制标题
DOI：
10.1186/1471-2105-13-87
复制
发表时间：
2012-05-08
影响因子：
3
通讯作者：
Carriço JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Francisco AP;Vaz C;Monteiro PT;Melo-Cristino J;Ramirez M;Carriço JA
随着DNA测序成本的降低，基于序列的分型方法正迅速成为流行病学监测的金标准。这些方法提供了全球规模的细菌种群分析所需的可重复和可比的结果，同时保留了它们对当地流行病学调查的有用性。在线数据库，收集产生的等位基因谱和相关的流行病学数据是可用的，但这一财富的数据仍然没有得到充分利用，往往是很差的注释，因为没有用户友好的工具存在分析和探索it.PHYLOViZ是平台独立的Java软件，允许整合分析基于序列的分型方法，包括SNP数据产生的全基因组序列的方法，和相关的流行病学数据。goeBURST及其最小生成树扩展用于可视化分离株之间可能的进化关系。结果可以显示为注释图，覆盖任何其他可用的流行病学数据的查询结果。PHYLOViZ是一个用户友好的软件，允许对微生物流行病学和人口研究的多个数据源进行综合分析。它可以在http://www.phyloviz.net上免费获得。
With the decrease of DNA sequencing costs, sequence-based typing methods are rapidly becoming the gold standard for epidemiological surveillance. These methods provide reproducible and comparable results needed for a global scale bacterial population analysis, while retaining their usefulness for local epidemiological surveys. Online databases that collect the generated allelic profiles and associated epidemiological data are available but this wealth of data remains underused and are frequently poorly annotated since no user-friendly tool exists to analyze and explore it. PHYLOViZ is platform independent Java software that allows the integrated analysis of sequence-based typing methods, including SNP data generated from whole genome sequence approaches, and associated epidemiological data. goeBURST and its Minimum Spanning Tree expansion are used for visualizing the possible evolutionary relationships between isolates. The results can be displayed as an annotated graph overlaying the query results of any other epidemiological data available. PHYLOViZ is a user-friendly software that allows the combined analysis of multiple data sources for microbial epidemiological and population studies. It is freely available at http://www.phyloviz.net.
登录
查看更多内容
影响因子：
30.8
作者：
Holt, Kathryn E.;Parkhill, Julian;Mazzoni, Camila J.;Roumagnac, Philippe;Weill, Francois-Xavier;Goodhead, Ian;Rance, Richard;Baker, Stephen;Maskell, Duncan J.;Wain, John;Dolecek, Christiane;Achtman, Mark;Dougan, Gordon
通讯作者：
Dougan, Gordon
影响因子：
4.4
作者：
Cooley, Michael B.;Carychao, Diana;Mandrell, Robert
通讯作者：
Mandrell, Robert
影响因子：
3.2
作者：
Feil, EJ;Li, BC;Spratt, BG
通讯作者：
Spratt, BG
DOI：
10.1126/science.1182395
发表时间：
2010-01-22
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Harris SR;Feil EJ;Holden MT;Quail MA;Nickerson EK;Chantratita N;Gardete S;Tavares A;Day N;Lindsay JA;Edgeworth JD;de Lencastre H;Parkhill J;Peacock SJ;Bentley SD
通讯作者：
Bentley SD
影响因子：
5.8
作者：
Jolley, KA;Feil, EJ;Maiden, MCJ
通讯作者：
Maiden, MCJ