G4Beacon: An In Vivo G4 Prediction Method Using Chromatin and Sequence Information.
G4Beacon: An In Vivo G4 Prediction Method Using Chromatin and Sequence Information.
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DOI：
10.3390/biom13020292
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发表时间：
2023-02-03
期刊：
影响因子：
5.5
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
G-四链体（G4）结构是重要的表观遗传调控元件，通常形成于DNA中富含鸟嘌呤的区域。然而，预测活细胞内G4结构的形成仍然是一个挑战。在这里，我们提出了一种超鲁棒的机器学习方法，G4 Beacon，它利用服从提升决策树（GBDT）算法，结合ATAC-seq数据和体外G4的周围序列，准确预测这些体外G4在不同细胞类型中的形成能力。因此，我们的模型即使在测试集极度偏斜的情况下也能获得出色的性能。除此之外，G4 Beacon还可以通过建立在特定细胞系上的模型精确地识别其他细胞系的体内G4，而无论实验技术或平台如何。总之，G4 Beacon是一种准确，可靠，易于使用的方法，用于预测各种细胞系的体内G4。
G-quadruplex (G4) structures are critical epigenetic regulatory elements, which usually form in guanine-rich regions in DNA. However, predicting the formation of G4 structures within living cells remains a challenge. Here, we present an ultra-robust machine learning method, G4Beacon, which utilizes the Gradient-Boosting Decision Tree (GBDT) algorithm, coupled with the ATAC-seq data and the surrounding sequences of in vitro G4s, to accurately predict the formation ability of these in vitro G4s in different cell types. As a result, our model achieved excellent performance even when the test set was extremely skewed. Besides this, G4Beacon can also identify the in vivo G4s of other cell lines precisely with the model built on a special cell line, regardless of the experimental techniques or platforms. Altogether, G4Beacon is an accurate, reliable, and easy-to-use method for the prediction of in vivo G4s of various cell lines.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
DOI：
10.1038/nrg3296
发表时间：
2012-11
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
46.9
作者：
Chambers, Vicki S.;Marsico, Giovanni;Balasubramanian, Shankar
通讯作者：
Balasubramanian, Shankar
影响因子：
14.9
作者：
Marsico, Giovanni;Chambers, Vicki S.;Balasubramanian, Shankar
通讯作者：
Balasubramanian, Shankar
影响因子：
14.9
作者：
Lyu J;Shao R;Kwong Yung PY;Elsässer SJ
通讯作者：
Elsässer SJ