Ultra-low input transcriptomics reveal the spore functional content and phylogenetic affiliations of poorly studied arbuscular mycorrhizal fungi.
Ultra-low input transcriptomics reveal the spore functional content and phylogenetic affiliations of poorly studied arbuscular mycorrhizal fungi.
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DOI：
10.1093/dnares/dsx051
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发表时间：
2018-04-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Corradi N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Beaudet D;Chen ECH;Mathieu S;Yildirir G;Ndikumana S;Dalpé Y;Séguin S;Farinelli L;Stajich JE;Corradi N
丛枝菌根真菌（Arbuscular mycorrhizal fungi，AMF）是一类与绝大多数陆生植物共生的土壤微生物。到目前为止，AMF编码信息的产生一直局限于无菌生长良好的模式属; Rhizoglomus和Gigaspora。同时，大多数AMF家族的功能基因库数据是不存在的。在这里，我们使用超低输入核糖核酸（RNA）-seq方法提供了八种研究不足的AMF物种（Acaulospora morrowiae，Diversispora versiforme，Scutellospora calospora，Racocetra castanea，Paraglomus brasilianum，Ambispora leptoticha，Claroideoglomus claroideum和Funneliformosseae）的主要大规模转录组数据。我们的分析表明，许多AMF物种的休眠孢子具有多样的功能多样性，并巩固了组内已知的进化关系。我们的研究结果表明，与传统的RNA-seq实验相比，从低输入RNA中获得的RNA-seq数据是可靠的。因此，我们的方法可以潜在地用于加深我们对真菌微生物功能的理解，并使用微量的RNA材料。
Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF) are a group of soil microorganisms that establish symbioses with the vast majority of land plants. To date, generation of AMF coding information has been limited to model genera that grow well axenically; Rhizoglomus and Gigaspora. Meanwhile, data on the functional gene repertoire of most AMF families is non-existent. Here, we provide primary large-scale transcriptome data from eight poorly studied AMF species (Acaulospora morrowiae, Diversispora versiforme, Scutellospora calospora, Racocetra castanea, Paraglomus brasilianum, Ambispora leptoticha, Claroideoglomus claroideum and Funneliformis mosseae) using ultra-low input ribonucleic acid (RNA)-seq approaches. Our analyses reveals that quiescent spores of many AMF species harbour a diverse functional diversity and solidify known evolutionary relationships within the group. Our findings demonstrate that RNA-seq data obtained from low-input RNA are reliable in comparison to conventional RNA-seq experiments. Thus, our methodology can potentially be used to deepen our understanding of fungal microbial function and phylogeny using minute amounts of RNA material.
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