Automated Tubule Nuclei Quantification and Correlation with Oncotype DX risk categories in ER+ Breast Cancer Whole Slide Images.
Automated Tubule Nuclei Quantification and Correlation with Oncotype DX risk categories in ER+ Breast Cancer Whole Slide Images.
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DOI：
10.1038/srep32706
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发表时间：
2016-09-07
影响因子：
4.6
通讯作者：
Madabhushi A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Romo-Bucheli D;Janowczyk A;Gilmore H;Romero E;Madabhushi A
早期雌激素受体阳性 (ER+) 乳腺癌 (BCa) 治疗基于假定的侵袭性和癌症复发的可能性。 Oncotype DX (ODX) 和其他基因表达测试可以区分需要辅助化疗的更具侵袭性的 ER+ BCa 和仅受益于激素治疗的侵袭性较低的癌症。然而，这些测试价格昂贵，具有组织破坏性，并且需要专门的设施。有趣的是，BCa 等级已被证明与 ODX 风险评分相关。不幸的是，由病理学家确定的 Bloom-Richardson (BR) 等级可能会有所不同。 BR 分级中的一个组成类别是小管形成。本研究旨在开发一种深度学习分类器，自动从 ER+ BCa 的整个切片图像 (WSI) 中识别肾小管细胞核，假设肾小管细胞核与细胞核总数的比率（肾小管形成指标 - TFI）与相应的 ODX 风险类别相关。在从 174 个 WSI 中提取的 7513 个字段中评估了这种相关性。结果表明，低 ODX/BR 病例比高 ODX/BR 病例具有更大的 TFI (p<<0.01)。低 ODX/BR 病例还呈现出比其余病例更大的 TFI (p<<0.05)。最后，高 ODX/BR 案例的 TFI 明显小于其余案例的 TFI (p<<0.01)。
Early stage estrogen receptor positive (ER+) breast cancer (BCa) treatment is based on the presumed aggressiveness and likelihood of cancer recurrence. Oncotype DX (ODX) and other gene expression tests have allowed for distinguishing the more aggressive ER+ BCa requiring adjuvant chemotherapy from the less aggressive cancers benefiting from hormonal therapy alone. However these tests are expensive, tissue destructive and require specialized facilities. Interestingly BCa grade has been shown to be correlated with the ODX risk score. Unfortunately Bloom-Richardson (BR) grade determined by pathologists can be variable. A constituent category in BR grading is tubule formation. This study aims to develop a deep learning classifier to automatically identify tubule nuclei from whole slide images (WSI) of ER+ BCa, the hypothesis being that the ratio of tubule nuclei to overall number of nuclei (a tubule formation indicator - TFI) correlates with the corresponding ODX risk categories. This correlation was assessed in 7513 fields extracted from 174 WSI. The results suggests that low ODX/BR cases have a larger TFI than high ODX/BR cases (p < 0.01). The low ODX/BR cases also presented a larger TFI than that obtained for the rest of cases (p < 0.05). Finally, the high ODX/BR cases have a significantly smaller TFI than that obtained for the rest of cases (p < 0.01).
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DOI：
10.1097/pai.0000000000000248
发表时间：
2016
期刊：
Applied immunohistochemistry & molecular morphology : AIMM
影响因子：
--
作者：
Khoury T;Huang X;Chen X;Wang D;Liu S;Opyrchal M
通讯作者：
Opyrchal M
上皮结构的形态复杂性用于预测侵入性乳腺癌存活。
影响因子：
7.4
作者：
Tambasco M;Eliasziw M;Magliocco AM
通讯作者：
Magliocco AM
DOI：
10.1038/modpathol.2013.36
发表时间：
2013-05
期刊：
Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
7.5
作者：
Acs, Geza;Kiluk, John;Laronga, Christine
通讯作者：
Laronga, Christine
DOI：
10.1146/annurev-bioeng-112415-114722
发表时间：
2016-07-11
影响因子：
9.7
作者：
Bhargava R;Madabhushi A
通讯作者：
Madabhushi A