5' end-centered expression profiling using cap-analysis gene expression and next-generation sequencing.
5' end-centered expression profiling using cap-analysis gene expression and next-generation sequencing.
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DOI：
10.1038/nprot.2012.005
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发表时间：
2012-02-23
期刊：
影响因子：
14.8
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
帽分析基因表达(CAGE)提供了对RNA表达的准确的高通量测量。CAGE允许对封顶编码和非编码RNA的所有起始点进行映射。此外，启动子内的转录起始点(TSS)以单核苷酸分辨率为特征。后者允许研究驱动基因表达的调控输入，这反过来又使得转录网络的构建成为可能。在这里，我们提供了一种优化的构建笼状文库的方法，该方法基于制备27个核苷酸(NT)长标签，对应于封顶RNA 5‘端的初始碱基。我们用基于过滤的简单步骤对方法进行了优化，总共需要4天的时间才能完成。笼形标签可以很容易地用Illumina测序仪进行测序，经过修改后，它们也可以使用其他平台进行测序。
Cap-Analysis gene expression (CAGE) provides accurate high-throughput measurement of RNA expression. CAGE allows mapping of all the initiation sites of both capped coding and noncoding RNAs. In addition, transcriptional start sites (TSSs) within promoters are characterized at single nucleotide resolution. The latter allows the regulatory inputs driving gene expression to be studied, which in turn enables the construction of transcriptional networks. Here we provide an optimized protocol for the construction of CAGE libraries based on the preparation of 27 nucleotide (nt) long tags corresponding to initial bases at the 5’ ends of capped RNAs. We have optimized the methods using simple steps based on filtration, which altogether takes 4 days to complete. The CAGE tags can be readily sequenced with Illumina sequencers and upon modification, they are also amenable to sequencing using other platforms.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btq033
发表时间：
2010-03-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Quinlan AR;Hall IM
通讯作者：
Hall IM
影响因子：
9.8
作者：
ENCODE Project Consortium
通讯作者：
ENCODE Project Consortium
影响因子：
56.9
作者：
Carninci, P;Kasukawa, T;Hayashizaki, Y
通讯作者：
Hayashizaki, Y
影响因子：
56.9
作者：
Cheng, J;Kapranov, P;Gingeras, TR
通讯作者：
Gingeras, TR
影响因子：
12.3
作者：
Ponjavic, Jasmina;Lenhard, Boris;Kai, Chikatoshi;Kawai, Jun;Carninci, Piero;Hayashizaki, Yoshihide;Sandelin, Albin
通讯作者：
Sandelin, Albin