Spatially mapped single-cell chromatin accessibility.
Spatially mapped single-cell chromatin accessibility.
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DOI：
10.1038/s41467-021-21515-7
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发表时间：
2021-02-24
影响因子：
16.6
通讯作者：
Adey AC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Thornton CA;Mulqueen RM;Torkenczy KA;Nishida A;Lowenstein EG;Fields AJ;Steemers FJ;Zhang W;McConnell HL;Woltjer RL;Mishra A;Wright KM;Adey AC
高通量单细胞表观基因组分析可以解决复杂组织中的细胞类型异质性，然而，空间定向丢失。在这里，我们提出了用于转座酶可及染色质测定（sciap - atac）的单细胞组合索引，作为一种高度可扩展，空间分辨的单细胞染色质状态谱分析方法。sciap - atac产生的数据质量与非空间sciap - atac相当，并保留了214微米立方区域内每个细胞的位置信息，在一次实验中多达数百个跟踪位置。我们应用sciap - atac来评估成年小鼠初级体感皮层和人类初级视觉皮层的皮层层压，在那里我们产生空间轨迹，并将我们的数据与非空间单核RNA和其他染色质可及性单细胞数据集整合。最后，我们利用一过性大脑中动脉闭塞模型来表征小鼠脑缺血梗死的空间进行性。在高通量单细胞表观基因组分析中，相互连接的网络中细胞的空间取向丢失。在这里，作者提出了sciMAP-ATAC来产生空间分辨的单细胞ATAC-seq数据。
High-throughput single-cell epigenomic assays can resolve cell type heterogeneity in complex tissues, however, spatial orientation is lost. Here, we present single-cell combinatorial indexing on Microbiopsies Assigned to Positions for the Assay for Transposase Accessible Chromatin, or sciMAP-ATAC, as a method for highly scalable, spatially resolved, single-cell profiling of chromatin states. sciMAP-ATAC produces data of equivalent quality to non-spatial sci-ATAC and retains the positional information of each cell within a 214 micron cubic region, with up to hundreds of tracked positions in a single experiment. We apply sciMAP-ATAC to assess cortical lamination in the adult mouse primary somatosensory cortex and in the human primary visual cortex, where we produce spatial trajectories and integrate our data with non-spatial single-nucleus RNA and other chromatin accessibility single-cell datasets. Finally, we characterize the spatially progressive nature of cerebral ischemic infarction in the mouse brain using a model of transient middle cerebral artery occlusion. Spatial orientation of cells in an interconnected network is lost in high-throughput single-cell epigenomic assays. Here the authors present sciMAP-ATAC to produce spatially resolved single-cell ATAC-seq data.
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影响因子：
64.8
作者：
Cao, Junyue;Spielmann, Malte;Shendure, Jay
通讯作者：
Shendure, Jay
影响因子：
46.9
作者：
Becht, Etienne;McInnes, Leland;Newell, Evan W.
通讯作者：
Newell, Evan W.
影响因子：
5.8
作者：
Gu, Zuguang;Eils, Roland;Schlesner, Matthias
通讯作者：
Schlesner, Matthias
DOI：
10.1126/science.aau0730
发表时间：
2018-09-28
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Cao J;Cusanovich DA;Ramani V;Aghamirzaie D;Pliner HA;Hill AJ;Daza RM;McFaline-Figueroa JL;Packer JS;Christiansen L;Steemers FJ;Adey AC;Trapnell C;Shendure J
通讯作者：
Shendure J
影响因子：
16.2
作者：
Alcamo, Elizabeth A.;Chirivella, Laura;McConnell, Susan K.
通讯作者：
McConnell, Susan K.