Optimization of T4 phage engineering via CRISPR/Cas9.
Optimization of T4 phage engineering via CRISPR/Cas9.
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通过CRISPR/CAS9优化T4噬菌体工程。
DOI：
10.1038/s41598-020-75426-6
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发表时间：
2020-10-26
影响因子：
4.6
通讯作者：
Nugen SR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Duong MM;Carmody CM;Ma Q;Peters JE;Nugen SR
阻碍在医疗和工业环境中广泛使用合成药物的主要限制是缺乏有效的噬菌体工程平台。经典的T4噬菌体工程和几种新提出的方法通常效率低下且耗时，因此只能产生0.03- 3%之间的不一致范围的基因组编辑率。在这里，我们回顾并提出了CRISPR/Cas9辅助基因组工程技术的新认识，该技术显著提高了T4 β的基因组编辑率。我们的结果表明，crRNA选择是通过CRISPR/Cas9进行T4噬菌体工程的主要限速因素。我们能够实现多个基因的编辑率> 99%，这些基因功能化了用于进一步应用的基因。我们设想，这种改进的噬菌体工程平台将加速个性化噬菌体治疗，生物控制和快速诊断领域。
A major limitation hindering the widespread use of synthetic phages in medical and industrial settings is the lack of an efficient phage-engineering platform. Classical T4 phage engineering and several newly proposed methods are often inefficient and time consuming and consequently, only able to produce an inconsistent range of genomic editing rates between 0.03–3%. Here, we review and present new understandings of the CRISPR/Cas9 assisted genome engineering technique that significantly improves the genomic editing rate of T4 phages. Our results indicate that crRNAs selection is a major rate limiting factor in T4 phage engineering via CRISPR/Cas9. We were able to achieve an editing rate of > 99% for multiple genes that functionalizes the phages for further applications. We envision that this improved phage-engineering platform will accelerate the fields of individualized phage therapy, biocontrol, and rapid diagnostics.
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影响因子：
46.9
作者：
Doench JG;Fusi N;Sullender M;Hegde M;Vaimberg EW;Donovan KF;Smith I;Tothova Z;Wilen C;Orchard R;Virgin HW;Listgarten J;Root DE
通讯作者：
Root DE
影响因子：
4.2
作者：
Jackson, Angelyca A.;Hinkley, Troy C.;Sela, David A.
通讯作者：
Sela, David A.
影响因子：
5.3
作者：
Perera, Meenu N.;Abuladze, Tamar;Sulakvelidze, Alexander
通讯作者：
Sulakvelidze, Alexander
CRISPR-CAS9介导的基因失活的高度活性SGRNA的合理设计。
影响因子：
46.9
作者：
Doench, John G.;Hartenian, Ella;Graham, Daniel B.;Tothova, Zuzana;Hegde, Mudra;Smith, Ian;Sullender, Meagan;Ebert, Benjamin L.;Xavier, Ramnik J.;Root, David E.
通讯作者：
Root, David E.
DOI：
10.3390/v10040205
发表时间：
2018-04-19
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
Moye ZD;Woolston J;Sulakvelidze A
通讯作者：
Sulakvelidze A