Applicability of spatial transcriptional profiling to cancer research.
Applicability of spatial transcriptional profiling to cancer research.
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空间转录谱在癌症研究中的适用性。
DOI：
10.1016/j.molcel.2021.03.016
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发表时间：
2021-04-15
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
McEachron TA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bassiouni R;Gibbs LD;Craig DW;Carpten JD;McEachron TA
空间转录谱提供了组织结构的重要解剖学背景内的基因表达信息。这种方法非常适合表征实体瘤，其在恶性细胞、免疫细胞和基质的复杂景观中发展。在单个测定中，空间转录谱可以询问这些细胞群体之间的空间关系的作用，以及揭示相关致癌遗传事件的空间模式。这种方法的广泛用途反映在为其实施而开发的一系列策略中，以及最近几个分析平台的商业开发中。将这些技术应用于假设驱动和发现驱动研究的灵活性允许在研究环境中广泛适用。这篇综述讨论了空间转录谱的可用技术及其在癌症研究中的应用。
Spatial transcriptional profiling provides gene expression information within the important anatomical context of tissue architecture. This approach is well-suited to characterize solid tumors, which develop within a complex landscape of malignant cells, immune cells, and stroma. In a single assay, spatial transcriptional profiling can interrogate the role of spatial relationships between these cell populations, as well as reveal spatial patterns of relevant oncogenic genetic events. The broad utility of this approach is reflected in the array of strategies that have been developed for its implementation, as well as in the recent commercial development of several profiling platforms. The flexibility to apply these technologies to both hypothesis-driven and discovery-driven studies allows for widespread applicability in research settings. This review discusses available technologies for spatial transcriptional profiling and several applications for their use in cancer research.
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