ARID3B Directly Regulates Ovarian Cancer Promoting Genes.
ARID3B Directly Regulates Ovarian Cancer Promoting Genes.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0131961
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发表时间：
2015
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Cowden Dahl KD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bobbs A;Gellerman K;Hallas WM;Joseph S;Yang C;Kurkewich J;Cowden Dahl KD
DNA结合蛋白富含AT的相互作用结构域3B（ARID 3B）在卵巢癌中升高，并增加卵巢癌异种移植模型中的肿瘤生长。然而，人们对ARID 3B的功能知之甚少。在这项研究中，我们进行了第一次全基因组筛选ARID 3B直接靶基因和ARID 3B调控途径。我们通过染色质免疫沉淀（ChIP），然后通过微阵列和定量RT-PCR鉴定并确认了许多ARID 3B靶基因。使用基序发现算法，我们表征了ARID 3B的结合位点，其类似于先前已知的ARID 3B partial ARID 3A的位点。通过ChIP分析证明了该预测位点的功能性。我们接下来证明了ARID 3B在卵巢癌细胞系中诱导其靶标的表达。我们验证了ARID 3B与表皮生长因子受体（EGFR）增强子结合并增加mRNA表达。ARID 3B还与Wnt 5A及其受体FZD 5的启动子结合。FZD 5在卵巢癌细胞系中高度表达，并被外源性ARID 3B上调。ARID 3B和FZD 5表达均增加与细胞外基质（ECM）组分（包括胶原IV、纤连蛋白和玻连蛋白）的粘附。ARID 3B增加对胶原蛋白II和IV的粘附需要FZD 5。这项研究直接证明了ARID 3B以序列特异性方式结合靶基因，导致基因表达增加。此外，我们的数据表明，ARID 3B调节Wnt通路中的直接靶基因促进卵巢癌细胞的粘附。
The DNA-binding protein AT-Rich Interactive Domain 3B (ARID3B) is elevated in ovarian cancer and increases tumor growth in a xenograft model of ovarian cancer. However, relatively little is known about ARID3B's function. In this study we perform the first genome wide screen for ARID3B direct target genes and ARID3B regulated pathways. We identified and confirmed numerous ARID3B target genes by chromatin immunoprecipitation (ChIP) followed by microarray and quantitative RT-PCR. Using motif-finding algorithms, we characterized a binding site for ARID3B, which is similar to the previously known site for the ARID3B paralogue ARID3A. Functionality of this predicted site was demonstrated by ChIP analysis. We next demonstrated that ARID3B induces expression of its targets in ovarian cancer cell lines. We validated that ARID3B binds to an epidermal growth factor receptor (EGFR) enhancer and increases mRNA expression. ARID3B also binds to the promoter of Wnt5A and its receptor FZD5. FZD5 is highly expressed in ovarian cancer cell lines, and is upregulated by exogenous ARID3B. Both ARID3B and FZD5 expression increase adhesion to extracellular matrix (ECM) components including collagen IV, fibronectin and vitronectin. ARID3B-increased adhesion to collagens II and IV require FZD5. This study directly demonstrates that ARID3B binds target genes in a sequence-specific manner, resulting in increased gene expression. Furthermore, our data indicate that ARID3B regulation of direct target genes in the Wnt pathway promotes adhesion of ovarian cancer cells.
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DOI：
10.1042/bj20110112
发表时间：
2011-07-01
期刊：
The Biochemical journal
影响因子：
--
作者：
Barbolina MV;Burkhalter RJ;Stack MS
通讯作者：
Stack MS
影响因子：
11.2
作者：
Chien, Chian-Shiu;Wang, Mong-Lien;Chiou, Shih-Hwa
通讯作者：
Chiou, Shih-Hwa
影响因子：
6.4
作者：
BERNS, EMJJ;KLIJN, JGM;FOEKENS, JA
通讯作者：
FOEKENS, JA
影响因子：
10.5
作者：
Herrscher, RF;Kaplan, MH;Tucker, PW
通讯作者：
Tucker, PW
模因套件：用于发现和搜索的工具。
影响因子：
14.9
作者：
Bailey TL;Boden M;Buske FA;Frith M;Grant CE;Clementi L;Ren J;Li WW;Noble WS
通讯作者：
Noble WS