Genomic analysis of 38 Legionella species identifies large and diverse effector repertoires.
Genomic analysis of 38 Legionella species identifies large and diverse effector repertoires.
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DOI：
10.1038/ng.3481
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发表时间：
2016-02
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Segal, Gil
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Burstein, David;Amaro, Francisco;Zusman, Tal;Lifshitz, Ziv;Cohen, Ofir;Gilbert, Jack A.;Pupko, Tal;Shuman, Howard A.;Segal, Gil
人类病原体嗜肺军团菌的感染依赖于约300种毒力蛋白（称为效应子）的移位，这些毒力蛋白操纵宿主细胞过程。然而，几乎没有关于其他军团菌病原体中效应子的信息。在这里，我们对38种军团菌的基因组进行了测序、组装和表征，并使用先前验证的机器学习方法预测了它们的效应子库。这项分析揭示了5,885个预测效应器的宝库。不同军团菌属物种的效应子库被发现在很大程度上是不重叠的，只有7个核心效应子在所有研究的物种之间共享。种属特异性效应物具有低GC含量，表明外源性收购，可能来自其天然原生动物宿主。此外，我们发现了许多新的保守效应域，并发现了新的结构域组合，这允许推断尚未描述的效应功能。这里描述的效应器收集和网络结构域可以作为未来研究的路线图效应器的功能和进化。
Infection by the human pathogen Legionella pneumophila relies on the translocation of ~300 virulence proteins, termed effectors, which manipulate host-cell processes. However, almost no information exists regarding effectors in other Legionella pathogens. Here we sequenced, assembled and characterized the genomes of 38 Legionella species, and predicted their effector repertoire using a previously validated machine-learning approach. This analysis revealed a treasure trove of 5,885 predicted effectors. The effector repertoire of different Legionella species was found to be largely non-overlapping, and only seven core-effectors were shared among all species studied. Species-specific effectors had atypically low GC content, suggesting exogenous acquisition, possibly from their natural protozoan hosts. Furthermore, we detected numerous novel conserved effector domains, and discovered new domain combinations, which allowed inferring yet undescribed effector functions. The effector collection and network of domain architectures described here can serve as a roadmap for future studies of effector function and evolution.
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影响因子：
6.7
作者：
Carey KL;Newton HJ;Lührmann A;Roy CR
通讯作者：
Roy CR
影响因子：
6.4
作者：
Beare PA;Gilk SD;Larson CL;Hill J;Stead CM;Omsland A;Cockrell DC;Howe D;Voth DE;Heinzen RA
通讯作者：
Heinzen RA
影响因子：
4.1
作者：
Kaneko, T;Nakamura, Y;Tabata, S
通讯作者：
Tabata, S
DOI：
10.1073/pnas.1511389112
发表时间：
2015-09-15
影响因子：
11.1
作者：
Isaac, Dervla T.;Laguna, Rita K.;Isberg, Ralph R.
通讯作者：
Isberg, Ralph R.
DOI：
10.1002/prot.340170405
发表时间：
1993-12-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
BORK, P
通讯作者：
BORK, P