Cistrome Data Browser: integrated search, analysis and visualization of chromatin data.
Cistrome Data Browser: integrated search, analysis and visualization of chromatin data.
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Cistrome数据浏览器：集成了染色质数据的搜索、分析和可视化。
DOI：
10.1093/nar/gkad1069
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发表时间：
2024-01-05
影响因子：
14.9
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cistrome数据浏览器是来自人类和小鼠的ChIP-seq，ATAC-seq和DNase-seq数据的资源。它提供了转录因子，辅因子，染色质重塑，组蛋白翻译后修饰和染色质区域的核酸内切酶活性的全基因组位置的地图。与上一版本相比，Cistrome DB v3.0包含约45000份人类和44000份小鼠样本，约32000个新收集的数据集。Cistrome DB v3.0用户界面作为单页应用程序实现，该应用程序统一了菜单驱动和数据驱动搜索功能，并提供了嵌入式基因组浏览器，允许用户更有效地查找和可视化数据。用户可以通过关键字、菜单和数据驱动的搜索工具找到信息丰富的染色质图谱。浏览器搜索功能可以预测查询基因的调控因子以及潜在顺式调控元件的细胞类型和因子依赖性功能。Cistrome DB v3.0扩展了质量控制统计数据的显示，将序列标识合并到基序富集显示中，并包括更广泛的样本元数据。Cistrome DB v3.0可在http://db3.cistrome.org/browser上获得。
The Cistrome Data Browser is a resource of ChIP-seq, ATAC-seq and DNase-seq data from humans and mice. It provides maps of the genome-wide locations of transcription factors, cofactors, chromatin remodelers, histone post-translational modifications and regions of chromatin accessible to endonuclease activity. Cistrome DB v3.0 contains approximately 45 000 human and 44 000 mouse samples with about 32 000 newly collected datasets compared to the previous release. The Cistrome DB v3.0 user interface is implemented as a single page application that unifies menu driven and data driven search functions and provides an embedded genome browser, which allows users to find and visualize data more effectively. Users can find informative chromatin profiles through keyword, menu, and data-driven search tools. Browser search functions can predict the regulators of query genes as well as the cell type and factor dependent functionality of potential cis-regulatory elements. Cistrome DB v3.0 expands the display of quality control statistics, incorporates sequence logos into motif enrichment displays and includes more expansive sample metadata. Cistrome DB v3.0 is available at http://db3.cistrome.org/browser.
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