Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses.
Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses.
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DOI：
10.1186/s12915-014-0087-z
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发表时间：
2014-11-12
期刊：
影响因子：
5.4
通讯作者：
Walker AW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Salter SJ;Cox MJ;Turek EM;Calus ST;Cookson WO;Moffatt MF;Turner P;Parkhill J;Loman NJ;Walker AW
近年来，微生物群落的研究因16 S rRNA基因测序和宏基因组学等与培养无关的分析技术的广泛采用而发生了革命性的变化。这些基于序列的方法的一个潜在混淆因素是DNA提取试剂盒和其他实验室试剂中存在污染。在这项研究中，我们证明，污染的DNA是普遍存在的常用的DNA提取试剂盒和其他实验室试剂，不同的试剂盒和试剂盒批次之间的组成变化很大，这种污染严重影响从含有低微生物生物量的样品中获得的结果。污染影响基于PCR的16 S rRNA基因调查和鸟枪宏基因组学。我们提供了一个广泛的潜在污染属的列表，以及如何减轻污染影响的指导方针。这些结果表明，在将基于序列的技术应用于低生物量环境中存在的微生物群的研究时，应谨慎。强烈建议同时对阴性对照样品进行测序。本文的在线版本（doi：10.1186/s12915-014-0087-z）包含补充材料，可供授权用户使用。
The study of microbial communities has been revolutionised in recent years by the widespread adoption of culture independent analytical techniques such as 16S rRNA gene sequencing and metagenomics. One potential confounder of these sequence-based approaches is the presence of contamination in DNA extraction kits and other laboratory reagents. In this study we demonstrate that contaminating DNA is ubiquitous in commonly used DNA extraction kits and other laboratory reagents, varies greatly in composition between different kits and kit batches, and that this contamination critically impacts results obtained from samples containing a low microbial biomass. Contamination impacts both PCR-based 16S rRNA gene surveys and shotgun metagenomics. We provide an extensive list of potential contaminating genera, and guidelines on how to mitigate the effects of contamination. These results suggest that caution should be advised when applying sequence-based techniques to the study of microbiota present in low biomass environments. Concurrent sequencing of negative control samples is strongly advised. The online version of this article (doi:10.1186/s12915-014-0087-z) contains supplementary material, which is available to authorized users.
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