Calculation of the twist and the writhe for representative models of DNA.
Calculation of the twist and the writhe for representative models of DNA.
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计算 DNA 代表性模型的扭曲和扭动。
DOI：
10.1016/0022-2836(86)90513-9
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发表时间：
1986
影响因子：
5.6
通讯作者：
Bauer,WR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
White,JH;Bauer,WR
扭曲（Tw）和扭曲（Wr）的几何量是最重要的完整描述的DNA的结构。在闭合环状DNA的情况下，TwandWris的和是常数，等于连接数Lk。本文提出了一种用一对曲线和连接它们的对应曲面计算扭曲的一般方法。任何一对曲线（C1和C2）的扭曲度可以根据它们的顺序而取不同的值，并且通常Tw（C1，C2）不等于Tw（C2，C1）。我们描述了四种模型，可以用来表示DNA的结构，并计算在每种情况下的两个排序的扭曲。审查的四种模式是：I，关于线性轴的规则螺旋; II，关于闭合圆形轴的环形螺旋; III，关于规则螺旋轴的超螺旋;以及IV，关于闭合环形螺旋的超螺旋。在情况II和IV中，这些结果也用于计算LkandWr。案例III用于分析核小体中DNA的缠绕。
The geometric quantities twist (Tw) and writhe (Wr) are of primary importance for a complete description of the structure of DNA. In the case of a closed circular DNA, the sum ofTwandWris constant and equal to the linking number,Lk. In this paper we present a general method for calculation of the twist in terms of a pair of curves and a correspondence surface that joins them. The twist of any pair of curves (C1and C2) may take on different values depending upon their ordering, and in generalTw(C1, C2)is not equal toTw(C2, C1). We describe four models that may be taken to represent the structure of DNA and compute the twist for both orderings in each case. The four models examined are: I, a regular helix about a linear axis; II, a toroidal helix about a closed circular axis; III, a superhelix about a regular helical axis; and IV, a superhelix about a closed toroidal helix. In cases II and IV these results are also used to calculateLkandWr. Case III is used to analyze the winding of DNA in a nucleosome.
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DOI：
10.1016/s1874-6047(08)60344-3
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期刊：
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影响因子：
--
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James C. Wang
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WANG, JC