Chromatin accessibility profiling by ATAC-seq.
Chromatin accessibility profiling by ATAC-seq.
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DOI：
10.1038/s41596-022-00692-9
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发表时间：
2022-06
期刊：
影响因子：
14.8
通讯作者：
Corces, M. Ryan
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Grandi, Fiorella C.;Modi, Hailey;Kampman, Lucas;Corces, M. Ryan
使用测序的转座酶可接近染色质测定（ATAC-seq）提供了一种简单且可扩展的方法来检测与细胞类型相关的独特染色质景观以及它如何被扰动或疾病改变。ATAC-seq需要相对少量的输入细胞，并且不需要控制系统动力学的表观遗传标记或转录因子的先验知识。在这里，我们描述了一种更新和优化的ATAC-seq协议，称为Omni-ATAC，适用于广泛的细胞和组织类型。ATAC-seq工作流程有五个主要步骤：样品制备、转座、文库制备、测序和数据分析。该方案详细说明了生成和测序ATAC-seq文库的步骤，并提供了样品制备和下游生物信息学分析的建议。熟悉基本分子生物学的人可以在10小时内生成约12个样本的ATAC-seq文库，并且具有基本生物信息学技能并能够访问高性能计算环境的人可以使用基准管道实施下游测序分析。
The assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (ATAC-seq) provides a simple and scalable way to detect the unique chromatin landscape associated with a cell type and how it may be altered by perturbation or disease. ATAC-seq requires a relatively small number of input cells and does not require a priori knowledge of the epigenetic marks or transcription factors governing the dynamics of the system. Here, we describe an updated and optimized protocol for ATAC-seq, called Omni-ATAC, that is applicable across a broad range of cell and tissue types. The ATAC-seq workflow has five main steps: sample preparation, transposition, library preparation, sequencing, and data analysis. This protocol details the steps to generate and sequence ATAC-seq libraries, with recommendations for sample preparation and downstream bioinformatic analysis. ATAC-seq libraries for ~12 samples can be generated in 10 hours by someone familiar with basic molecular biology and downstream sequencing analysis can be implemented using benchmarked pipelines by someone with basic bioinformatics skills and access to a high-performance computing environment.
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